Тем временем в Европейской России был сформирован отряд для службы в Порт-Артуре и Талиенване. В него вошла 3-я Восточно-Сибирская стрелковая бригада, два полка которой — 11-й и 12-й — прибыли в Артур морем из Одессы. Остальные части формировались за счет Приамурского военного округа. Это были: два батальона крепостной артиллерии, артиллерийский дивизион, Квантунский саперный батальон и 1-й Верхнеудинский казачий полк.
За войсками потянулись и первые чиновники, портовые рабочие, купцы, мещане. Закипела работа в городе и крепости. Портартурцы сразу ощутили в полной мере неорганизованность и граничащее с преступлением невежество бюрократического аппарата. Даже официальные правительственные источники не могли не обратить на это внимание: «Трудностью положения было еще отношение к делу Петербурга: его чиновничьи мертвые канцелярии не имели ни малейшего представления о потребностях Порт-Артура и рассматривали вопросы лишь с точки зрения возможного уменьшения расходов. Военное министерство не хотело увеличивать численность гарнизона, и все многочисленные ходатайства по этому вопросу встречали лишь самый категорический отказ; кредиты, как на приспособление зданий для жилья и других насущных потребностей гарнизона, так и на постройку укреплений, задерживались и урезались. Как у нас постоянно водится, канцелярские переписки разрослись до грандиозных размеров, нелепое приказание бывшего военного министра ежедневно доносить о мелочах, совершавшихся на Квантуне, отнимало немало времени у работников и вызывало совершенно излишние телеграфные расходы, так как долгое время после занятия приходилось платить больше рубля за слово. Напряжение работы было огромное, и нервы были натянуты у всех. Если к этому прибавить возню с антагонизмом между морским и сухопутным ведомствами, то становится понятным, в какие тяжелые условия была поставлена работа в Порт-Артуре».
Строительство в крепости шло черепашьими темпами, но все же в 1899 году были построены береговые батареи у Тигрового перешейка и за Плоским мысом, перевооружены 6-дюймовыми пушками и 9-дюймовыми мортирами Саперная и Круглая батареи. На сухопутном фронте впервые поставили 6-дюймовые пушки. Это полностью соответствовало бытовавшему мнению, что с суши ждать врага нелепо, ибо здесь за Артуром стояла вся Россия. О боевой готовности войск, их подготовке не думали, все силы бросили на строительство. Флот жил спокойней и уже в феврале 1899 года провел первую боевую стрельбу. Но результаты ее были так удручающе низки, что командование эскадры надолго прекратило всякие попытки превзойти береговую артиллерию. Мишенью для стрельбы служила старая китайская ипань на берегу Талиенванской бухты и созданные вокруг нее на скорую руку макеты батарей. Эскадра отстрелялась дружно, но ипань осталась целой и невредимой, а потери понесли, как это ни смешно, сами стреляющие корабли. На «Наварине» оторвало ствол 6-дюймового орудия, на «Владимире Мономахе» от сотрясения потекли котлы, на «Рюрике» сорвало с крепления пушку.
Пока Порт-Артур с большим трудом старался укрепить свою оборону, в мире изменилось многое. В 1900 году в Китае вспыхнуло боксерское восстание. Против восставшего народа был брошен семидесятитысячный экспедиционный корпус интервентов. Регулярные войска Англии, США, Японии, Германии, Франции и России в короткий срок подавили восстание и заняли Пекин. Начался неприкрытый грабеж страны. На Китай была наложена огромная контрибуция, более чем в полтора миллиарда рублей. Самый лакомый кусок отхватила Россия, полностью оккупировав Маньчжурию. Это, естественно, не понравилось ее партнерам. Прежде всего враждебную позицию по отношению к России заняла Япония, которая к тому времени окрепла и мечтала не только о Маньчжурии. Англия и США приняли самое деятельное участие в разжигании войны между Россией и Японией. В 1902 году был подписан англо-японский договор, в котором прямо говорилось, что одна из сторон обязана сохранять нейтралитет, если другая будет вести войну из-за Китая и оказывать помощь союзнику, вплоть до вооруженных сил, в случае его войны с несколькими державами. Американцы, верные своему торгашескому духу, не мудрствовали лукаво на дипломатическом поприще и предоставили Японии заем на 500 миллионов рублей. Сумма эта по тем временам была так велика, что даже на строительство одного из мощнейших флотов в мире японцы потратили только 200 миллионов рублей.
Теперь японцы были уверены, что смогут воевать с Россией. Подготовка к войне шла самыми быстрыми темпами. На американских займах небывало быстро росло промышленное производство, особенно машинное. Это позволило Японии построить самый современный флот — к началу войны японский флот по мореходным и огневым качествам был одним из сильнейших в бассейне Тихого океана. Одновременно с флотом создавалась многочисленная кадровая армия для вторжения на материк. Всего на строительство вооруженных сил с 1896 года и по 1903-й Япония израсходовала почти миллиард иен. Для того времени сумма эта была колоссальна.