Наблюдательный Хосе вскоре стал замечать, что испанцам вовсе нечем гордиться перед филиппинцами. Филиппинцы были нисколько не глупее и учились не хуже испанцев, хотя им приходилось преодолевать трудности мало знакомого большинству их испанского языка, на котором велось преподавание в «Атенеуме». Умственное превосходство белой расы, которым так кичились испанцы, оказалось пустым звуком, предрассудком, основанным только на военной мощи победителей. Постепенно Хосе убедился, что колонизаторы сильны не умом, талантами и превосходством характера, а только неорганизованностью филиппинцев, отсутствием у них уверенности в себе — результатом их векового бесправия и эксплуатации. Пусть его народ получит равные права с испанцами — он сумеет проявить себя и доказать, что цвет кожи не играет никакой роли в умственном и нравственном развитии человечества.
Недюжинные способности Хосе проявились с перовых же дней обучения. Через месяц он получил к своему восторгу награду за успехи, через три месяца — другую и громкое звание «императора». Для поощрения прилежания и успеваемости воспитанников «Атенеума» делили на две империи — «римскую» и «греческую», постоянно соревновавшиеся между собой. Лучший ученик назывался «императором». В течение трех месяцев «индио» Хосе Ризаль продвинулся с последнего места, как позже всех поступивший, до вершины школьной славы. Через два-три года он был, уже всеми признанной гордостью «Атенеума».
Блестящие дарования соединились у него с необычайной трудоспособностью и серьезным отношением к делу. Мягкий и мечтательный мальчик обладал силой воли. Уже в юные годы он приучил себя, без всякого понуждения старших, к систематическому распределению времени. Он составил себе расписание занятий на каждый день и строго, не только в школе, но и в быту, придерживался его: столько-то времени на приготовление уроков, столько-то на чтение, от четырех до пяти часов гуляние и игры, от пяти до шести рисование и т. д. Он всегда держал себя в руках, не допуская отклонений от раз намеченной программы. Ни одна минута не пропадала у него даром. Получая за успехи в науках награду за наградой, он находил время с увлечением заниматься поэзией, скульптурой и рисованием. Он успевал даже писать какие-то трактаты по химии. Вспоминая свою юность, Ризаль писал: «Я всегда старался жить, согласно своим принципам и исполнять тяжелые обязанности, которые взял на себя».
Хотя «Атенеум» и считался в Маниле передовым учебным заведением, преподавание велось в нем из рук вон плохо. Схоластические методы — полное отсутствие каких бы то ни было наглядных пособий, неподготовленность учителей, не умевших разобраться в запросах учеников, мало способствовали умственному развитию учащихся. Нужна была вся целеустремленность Ризаля, чтобы получить в иезуитской коллегии какие-то знания.
Но Ризаль всегда с удовольствием вспоминал годы, проведенные в «Атенеуме». Искусной тактикой иезуиты достигли своих целей — он сохранил даже благодарное чувство к руководителям.
Наставникам и товарищам Хосе импонировали его блестящие успехи и знания. Одинаково легко он рисовал, лепил и сочинял поэмы и пьесы на испанском и тагалогском языках. В декабре 1875 года, пятнадцатилетним мальчиком, он написал по-испански поэму «Отплытие» — гимн в честь Магеллана и его флота, а спустя полгода — поэму «Просвещение», в которой воспевал благодеяния науки. Обладая живейшим чувством юмора, Ризаль несколькими штрихами карандаша набрасывал зарисовки и карикатуры на окружающих.