Юный Хосе приехал в Манилу вскоре после Кавитского восстания. Двести туземных рабочих кавитского арсенала восстали с оружием в руках, и с криками — «смерть испанцам» перебили своих офицеров. Непосредственным поводом к восстанию явилось принуждение арсенальских рабочих, считавшихся на военной службе и поэтому освобожденных от налогов и барщины, к выполнению всех повинностей наравне с остальным населением. Но движение имело глубокие корни далеко за пределами арсенала. Провинция Кавите издавна являлась ареной острых крестьянских конфликтов, нередко доходивших до вооруженных восстаний. Филиппинское крестьянство этой провинции почти целиком превратилось в издольщиков и арендаторов монашеских гасиенд. Однако недостаточные организация и конспирация восстания облегчили его быстрое подавление. Расправившись с участниками мятежа и сотнями невинных крестьян, колониальные власти использовали возможность свести счеты со всеми представителями национальной буржуазии. В ее агитации, в еще очень умеренных требованиях реформ и ограничения произвола монахов испанский абсолютизм, и особенно монашеские ордена, видели большую угрозу своему господству, чем даже в стихийных восстаниях масс.
Наряду с массовыми репрессиями, посыпавшимися после подавления восстания на всех заподозренных в антииспанских настроениях, особенное значение имели процесс над священниками Гомецом, Бургосом и Замора и их публичная казнь. Хотя священники не имели прямого отношения к заговору, монашеские ордена добились их ареста и предания суду.
В качестве улик на суде фигурировали не только претензии священников на церковные приходы, не только факт возложения Бургосом венка на гроб Симона де Анда, но даже петиция, поданная испанскому королю и написанная по совету архиепископа.
В борьбе монашеских орденов со светской властью за нераздельное господство на архипелаге на долю манильского архиепископа всегда выпадала очень крупная роль. Если архиепископ принадлежал сам к какому-нибудь ордену, он, естественно, в первую очередь защищал интересы своего ордена за счет остальных, неизменно поддерживал монахов в борьбе с губернаторской властью. В тех же случаях, когда архиепископ не принадлежал ни к одному из орденов, он обычно стремился усилить вес и значение архиепископской власти и ограничить всесилье монашеских орденов. Такие архиепископы обычно являлись сторонниками назначения в приходы аббатов-филиппинцев, надеясь усилить этим свое влияние за счет монашеских орденов.
К моменту Кавитского восстания манильский архиепископ не только поддерживал претензии филиппинских священников, но и отдавал себе ясный отчет, к чему может привести политика необузданных репрессий, проводимая монашескими орденами и губернатором Изкиэрдо.
Манильский архиепископ отправил в Мадрид протест против новой волны притеснений филиппинских священников, начавшийся с приездом губернатора Изкиэрдо. Он писал: «Несправедливое отнятие приходов у светского духовенства вызывает настоящий скандал. Неужели не боятся довести его до отчаяния? Разве оно недостаточно страдало и неужели его ожидают еще большие страдания? Кто сможет ручаться, что испытанная верность этого духовенства не превратится в ненависть…
Разве не дали понять некоторые индийские священники, что если бы американцы или немцы захватили Филиппины в войне с Испанией, они приняли бы врагов как освободителей…»
Архиепископ не только сам послал протест, но, по его указаниям, патер Бургос, после некоторых колебаний, согласился составить верноподданническую петицию испанскому королю. В петиции, собравшей более трехсот подписей, испрашивалось разрешение на предоставление приходов филиппинцам.
На суде все это было превращено в улики против обвиненных священников. Но этого было еще недостаточно, чтобы добиться их смерти за участие в подготовке вооруженного восстания в Кавите. Чтобы добиться обвинительного приговора, монашеским орденам пришлось, по словам современников, дать громадные взятки судьям.
Все обвинение было построено на лжесвидетельских показаниях одного запуганного крестьянина, которому в награду была обещана свобода, хотя впоследствии власти поспешили казнить его вместе с осужденными священниками.
Пятнадцатого февраля был вынесен приговор. Три филиппинских священника и свидетельствовавший против них крестьянин были осуждены на смертную казнь. Остальные обвиняемые, в том числе многие представители крупной буржуазной интеллигенции, были приговорены к ссылке и каторге на сроки от двух до десяти лет.
Семнадцатого февраля 1872 года на Багумбаянском поле, столько раз обагрявшемся кровью казненных сыновей филиппинского народа, была произведена казнь над популярными священниками.
Публичные казни на Багумбаянском поле всегда превращались испанцами в массовое зрелище, рассчитанное на устрашение масс.