Одновременно с Болотниковым к Москве двигалось тульско-рязанское дворянское войско Пашкова, Сунбулова и Ляпунова. Ему удалось захватить Коломну, занимавшую ключевое положение на подступах к Москве. 25 октября в 50 верстах от столицы, на Коломенской дороге, у села Троицкого-Лобанова И. Пашков разгромил войско князя Ф. И. Мстиславского, состоявшее из столичных дворян, и двинулся прямо к Москве.
Смута охватила также и западные уезды: «пошаталися» Дорогобуж, Вязьма, Рославль, Мещовск, Медынь, Верея, Серпейск, Боровск, Можайск, Руза, Борисов, Звенигород, Волок Ламский, Ржев, Зубцов, Старица и другие города. «Воровские» казаки приехали и в Иосифо-Волоцкий монастырь, где с ними приключилась неприятная история. Старец Дионисий Голицын (в миру князь Андрей Иванович, боярин и воевода) обманом опоил их и велел «побити», а часть захватил и переслал в Москву, к царю. Огонь мятежа заполыхал в Мещерской земле и Поволжье, где восстали мордва, чуваши, татары, черемисы. Волнения добрались до дальних уголков государства – Вятки, Пскова, Астрахани. В далеком Котельниче (в Вятской земле) осенью 1606 года «на кабаке чаши пили» и к «кресту приводили» за царя Дмитрия.
Передовой отряд казаков из армии Пашкова, подступив к столице, встал укрепленным лагерем у села Заборье (возможно, Загорье) 28 октября. Затем восставшие продвинулись еще ближе к Москве и поставили острог рядом с царской усадьбой Коломенское. Через несколько дней к Пашкову присоединилась армия Болотникова, который принял на себя верховное командование. Болотников как старший воевода занял представительное Коломенское. Пашкову пришлось довольствоваться менее удобным местом для своего стана в селе Котлы, и дворянин затаил обиду на Болотникова.
Положение столицы было критическим. Провинциальные служилые люди разъехались по городам. Ядро царской армии составляли столичные дворяне, количество которых вряд ли превышало тысячу человек. На них приходилось несколько тысяч боевых холопов, однако их надежность была сомнительной. В свою очередь войско мятежников будто бы насчитывало 20–30 тысяч человек, хотя боевая ценность воинов была неравнозначной. В Москве не было ни достаточных запасов продовольствия, ни казны на жалованье ратным людям. Цены на хлеб выросли в два-три раза, подвоз продовольствия прекратился. Подмосковье было охвачено восстанием, здесь хозяйничали казаки и другие «разбойники». Но при этом Болотникову и его союзникам не удалось полностью блокировать Москву.
В этой тяжелой ситуации царь Василий Шуйский проявил энергию и твердость. Были приняты решительные меры для укрепления обороны. В Москве организовали перепись всех жителей старше шестнадцати лет и выдали им оружие. Вооруженные пищалями, саблями, топорами, рогатинами, москвичи были расписаны «в осаду», таким образом, число защитников города возросло примерно на десять тысяч человек.
Военная мобилизация сопровождалась духовной. Публично было объявлено о том, что некий благочестивый москвич видел во сне чудесное видение – Иисуса Христа, Богородицу и святых в Успенском соборе. Божия Матерь молила Господа пощадить москвичей и спасти город от разгрома, и Он склонился к просьбе Матери, обещав помиловать жителей столицы, если те покаются в грехах (в том числе в содомии и брадобритии). Чудесное видение записал протопоп Благовещенского собора Терентий. Для всенародного покаяния с 14 октября в столице был установлен недельный пост. По всем московским храмам молились за царя и православное христианство, чтобы Бог остановил междоусобную брань.
В города, не затронутые восстанием, были посланы царские грамоты с призывом к служилым людям собираться для обороны Москвы. В распоряжении Василия Шуйского, помимо «двора», были московские стрельцы, а также стрельцы и даточные люди из Поморья, вооруженные огнестрельным оружием. Царское войско сосредоточилось в Замоскворечье. Его возглавил молодой и талантливый воевода, родственник царя князь Михаил Васильевич Скопин-Шуйский. Перед Серпуховскими воротами путь мятежникам преграждал деревянный гуляй-город. Ежедневно совершались вылазки и велись боевые действия. В источниках упоминаются бои под Даниловым и Симоновым монастырями и за Яузой.
Между тем в лагере восставших начались распри. 15 ноября 1606 года на сторону Шуйского перешли рязанские дворяне и часть стрельцов во главе с П. П. Ляпуновым и Г. Ф. Сунбуловым. Вероятнее всего, за это Ляпунов получил чин думного дворянина. В своей грамоте царь Василий безудержно расхвалил «добродеяния» Прокопия Петровича и щедро наградил его:
Отпустили к тебе твоего сына Владимира, а с ним послали к тебе нашего жалования камку золотную, сорок рублей, кубок золочан, четыре чарки серебряныя, ковш серебряной, а денги пятьдесят рублев велели естя тебе взять из наших доходов на Рязани, а оргамак в наряде…