Общеизвестно, что аристократическое семейство Колонна постоянно оказывало покровительство великому мастеру, но, как это ни странно, оно не проявляло особого интереса к его работам, и лишь картина «Экстаз Магдалины» долгое время удерживалась в собственности клана Колонна-Карафа, пока оригинал не был утерян. Уже в сентябре 1607 года фламандец Франс Пурбис, агент мантуанского герцога Гонзага, заядлого коллекционера художественных ценностей, сообщил о продаже «двух превосходнейших полотен кисти Микеланджело Меризи из Караваджо; одно из них, с чётками, самое большее 18-20 пядей, и за него просят всего лишь 400 дукатов… Я не посмел делать никаких предложений, не зная намерений Вашего Высочества, но меня заверили, что картина не будет продана, пока Вы не изъявите своё пожелание». 74Второй картиной, упомянутой Пурбисом, была новая версия «Юдифи и Олоферна», написанная Караваджо тогда же в Неаполе и впоследствии утерянная. Герцог Гонзага не внял рекомендации своего агента и промолчал. Тогда фламандские живописцы Винк, Пурбис и Финсон сложились и, опередив замешкавшегося испанского графа Вилламедьяна, купили картину в складчину. Финсон снял с «Распятия апостола Андрея» и «Экстаза Магдалины» копии, которые теперь принадлежат марсельскому музею. Таким образом, «Мадонна с чётками» отправилась в Амстердам. Затем при содействии Рубенса и Яна Брейгеля картина была перекуплена у частных владельцев и перевезена в Антверпен, где оказалась в доминиканской церкви Святого Павла, а в 1786 году была подарена австрийскому императору Иосифу II.
Несмотря на тянущийся за ним шлейф дурной репутации и совершённое преступление, Караваджо обрёл в Неаполе столь громкую славу, что о нём заговорили как о самом выдающемся мастере современности. Если посмотреть на перечень выполненных там работ, трудно себе даже представить, как за сравнительно короткое время неаполитанского затворничества, когда мысль о неминуемом возмездии нет-нет да и опаляла сознание, художник смог написать свыше дюжины великолепных произведений, взбудораживших местную аристократию и простой люд. Но прекрасный город на берегу Тирренского моря по-прежнему оставался для художника чужим. Он мечтал о возвращении в Рим, а путь туда, как его убедили доброжелатели, лежал через Мальту.
После недельного плавания 12 июля 1607 года Караваджо высадился на Мальте. О его прибытии говорится в рапорте агента инквизиции, в котором также сказано, что вместе с художником прибыли маркиз Маласпина и банкир Коста с младшим сыном. Своим именем Мальта обязана, по одним данным, греческому слову «Мелита» («медовая»), по другим — финикийскому «Маллат», что означает «укрытие». Испокон веку остров служил надёжным убежищем как для спасающихся от шторма мореплавателей, так и для рыскающих по морю пиратов. В 1530 году император Карл V подарил Мальту и соседний остров Гоцо духовно-рыцарскому ордену святого Иоанна Иерусалимского, который был изгнан оттоманскими турками из прежней его цитадели на острове Родос. В 1565 году мальтийские рыцари, число которых превышало тогда семьсот человек, под предводительством магистра ордена Жана де ла Валлетта героически выдержали многомесячную турецкую осаду и победили, став мощным оплотом христианства на всём Средиземноморье. День снятия осады, 24 июня, совпавший с днём поминовения Иоанна Крестителя, ежегодно с помпой отмечался на острове.
Рыцарский орден являлся закрытой военной организацией и аристократической кастой, доступ в которую неофитам был затруднён. Нужны были солидные рекомендации и крупные денежные или иные вклады. В братство иоаннитов входили отпрыски самых состоятельных дворянских родов Европы. Их приток особенно возрос после 1601 года, когда магистром ордена стал Алоф де Виньякур, придававший первостепенное значение омоложению рыцарского состава. При нём братство иоаннитов стало симбиозом воинствующего монашества и «рыцарей удачи», а точнее авантюристов, готовых ради наживы пойти на всё. Иностранные купцы, посещавшие остров с товарами, настолько поражались нравам тамошней золотой молодёжи, что прозвали Мальту второй Гоморрой.
В Мальтийском ордене были заинтересованы Испания, Рим, Генуя и Венеция, имевшие в его лице мощный форпост перед растущей угрозой со стороны флота оттоманских турок. Значительную роль на Мальте стали играть конторы крупных европейских банков, которым были предоставлены значительные налоговые поблажки. Но независимое положение ордена вызывало опасение Рима. Когда им была предпринята попытка учредить там инквизицию, мальтийские рыцари решительно воспротивились и согласились только на присутствие одного её представителя с весьма ограниченными правами без вмешательства во внутренние дела и политику ордена.