Под руководством Ефима Яковлевича была проведена масштабная реформа образовательной системы региона – введено нормативное финансирование для дошкольных, школьных и средних профессиональных учебных заведений. Ее суть заключалась в том, что финансировалась не организация, а поставленная перед ней задача. Это сформировало поле конкуренции за ученика со всеми вытекающими последствиями. Через много лет этот принцип был введен как норма в РФ.
«Профессиональное образование было странно устроено. Оно подчинялось федеральному комитету, а финансировалось регионом. Студенты состояли на полном обеспечении – одежда, питание были нормой этой системы. Следующий шаг состоял в том, чтобы вообще забрать всю систему образования в регион, потому что невозможно формировать кадровое обеспечение региональной экономики, если учреждение управляется на федеральном уровне. Мы забрали все это к себе в регион, ликвидировали полувоенную систему содержания студентов, ввели стипендиальное обеспечение, заявили, что система профессионального образования решает экономические задачи, а не социальные… И все начало работать в этой региональной схеме».
Следующий этап реформы состоял в создании механизмов, обеспечивающих единые принципы управления образовательными организациями, возможности межмуниципального использования. С этой целью в регионе все образовательные ресурсы были переданы в региональное управление, за муниципалитетами оставалась обязанность содержать здания и сооружения системы на их территории в рабочем состоянии. Вся территория региона была разделена на образовательные округа, которые управлялись региональным министерством образования и науки через свои структуры. Все организации финансировались напрямую, а не через муниципалитеты, число управленческих структур резко уменьшилось, а образовательные округа объединяли ресурсы нескольких муниципалитетов.
Ушел с поста министра образования и науки Самарской области в 2005 году.
Уйдя с госслужбы, продолжил научно-педагогическую деятельность: был научным руководителем Приволжского филиала федерального государственного автономного учреждения «Федеральный институт развития образования», экспертом Национального фонда подготовки кадров. Работал профессором на кафедре физики в Самарском национальном исследовательском университете имени академика С. П. Королева. Преподавал в Московской высшей школе социальных и экономических наук.
В 2001 году участвовал в разработке «Концепции модернизации российского образования до 2010 года».