Весной 1940 года в KG 30 была сформирована эскадрилья тяжелых истребителей (Zerstoererstaffel) – первая часть, оснащенная истребителями Ju 88С-2. В июле Z- Staffel KG 30 была включена в состав П./ NJG I и участвовала в ночных налетах на Великобританию. В сентябре II./NJG 1 переименовали в I./NJG 2. Дивизион сражался над Англией до II октября 1941 года. Главной задачей дивизиона была зашита немецких городов от английских бомбардировщиков. В декабре 1941 I./NJG 2 перевели на Сицилию. Первый налет на Мальту состоялся в ночь с 5 на 6 декабря 1941 года. Через неделю лейтенант Петер Лууфс (Luufs) сбил над Бенгази Wellington (Х9993) из 40-го дивизиона RAF. 17 декабря лейтенант Дитер Склиф (Sclief) сбил «Bienheim» из 107-го дивизиона. Ночью 28 декабря английская зенитная артиллерия уничтожила самолет лейтенанта Вилфреда Бабинка (Babink) (R4+CL). весь экипаж погиб. Первой частью, получившей новые Ju 88С-6, был NJG 2. Истребители Ju 88С-6 служили и в бомбардировочных полках (KG 3, 30, 51, 53, 55, 76 и 77) в отдельных эскадрильях. В V./KG 40 использовали истребители Ju 88С- 6 для охоты за английскими морскими самолетами в акватории Бискайского залива. В качестве любопытного факта можно отмстить, то у многих Ju 88С-6, использовавшихся в качестве дневных истребителей, носовая часть фюзеляжа была замаскирована иод «глаз жука». Дело в том, что английские пилоты предпочитали атаковать немецкие бомбардировщики спереди, поскольку передняя полусфера была слабее защищена. Если же такой прием противник по ошибке пытался применить против Ju 88С. то он попадал иод сильный огонь бортового вооружения, расположенного в передней части фюзеляжа. Самолеты Ju 88С-6 в версии ночного истребителя состояли на вооружении NJG (Nachtjagdgeschwader – полк- ночных истребителей) I, 2, 3, 4, 5, 6, 7 и II, которые дислоцировались в Бельгии, Голландии и Германии (как уже упоминалось I./NJG 2 некоторое время был на Сицилии и в Северной Африке), а также NJG 100 и 200. сражавшихся на Восточном фронте. Подготовка пилотов ночной истребительной авиации шла в NJG Schule 101 и 102 (Nachtjagdgeschwader Schule – школа плилотов ночной авиации). 5 декабря 1942 года Ju 88С-6 из V./KG 40 сбил «Sunderland», 15 мая 1943 года жертвой немецкого истребителя стал очередной «Sunderland», а месяц спустя «Hallifax» Mk.II ASR и, наконец, 14 июня В-17, сбитый около Кап Фииистер. Ju 88С-6 также эскортировали разведчики Ju 290 из FAGr 5. Самолеты из I./NJG 2. перехватывающие английские ночные бомбардировщики сбили много самолетов, в том числе «Bienheim» Mk.IV из 107-го дивизиона RAF и «Hampden» из 49-го дивизиона. Одним из самых больших успехов Ju 88С-6 состоялся в ночь с 30 на 31 марта 1944 года, когда над Нюрнбергом сбили почти половину из 97 английских бомбардировщиков, участвовавших в налете. На Восточном фронте тактика использования Ju 88С-6 была другой. В России немецкие ночные истребители занимались свободным перехватом советских ночных бомбардировщиков (По-2, Як-6, Пе-8, СБ-2) которые часто действовали поодиночке.
9 мая 1943 года на аэродром Дайс около Абердина приземлился самолет Ju 88R-1 из I0./NJG 3 (D5+EV). Одним из членов экипажа был … агентом английской Интеллидженс Сервис. В руки англичан попал комплект современного немецкого радиолокационного оборудования. Вскоре союзники стали глушить радары FuG 202 и 212. В следующий раз англичанам просто повезло, из- за неисправности навигационного оборудования Ju 88G-I из 7./NJG 2 (4R+UR) по ошибке приземлился на базе в Вудбридже. Теперь англичанам достались новые FuG 220 и FuG 227.
Самолеты Ju 88G вели немецкие одномоторные истребители в атаку на союзнические аэродромы (операция «Bodenplatte») в январе 1945 года. 3 декабря 1943 года Ju 88G-6 сбили два «Mosquito». В конце войны Ju 88G использовались в качестве обычных бомбардировщиков на Восточном фронте. Ju 88 участвовали в эвакуации немецких войск из Прибалтики. 4 мая и 8 мая самолеты из 12./NJG 3 совершили налеты на наземные цели около Коттбуса. Последний боевой вылет состоялся 9 мая 1945 года, когда немецкие бомбардировщики атаковали колонну совет ских танков около Дрездена.
Самолеты Ju 88Р-2 и Р-4 использовали для ночных штурмовых атак (Восточный фронт). Ju 88Р-1 состояли на вооружении III./KG I, который базировался в 1942 году на захваченном советском аэродроме Дно.
Дальними разведчиками Ju 88Н-1 (4U+AL, BL, CL, EL и FL) была оснащена 3.(F)/123, дислоцированная в Ренне, Коньяке и Лоране.
Оценка самолета Юнкерс Ju-88 британскими специалистами