Первой большой операцией, в которой приняли участие Ju 88А была «Битва за Англию». В июне и июле 1940 года Ju 88А использовали для дальней разведки и атаки на порты и морские коммуникации англичан в Ла-Манше. 1 июля во время разведки в районе Ливерпуля был сбит самолет из 3. (F)/121. 3 июля Юнкерсы из 8./KG 30 определяли метеорологические условия над Англией. Два Ju 88А-2 стали добычей «Спитфайра» из 603-го дивизиона RAF. Спастись удалось только одному немецкому летчику. 8 июля во время налета на Сандерленд англичане сбили самолет 5J+AT командира 9./ KG 4 капитана К.Ролёффа (Rohloff). Потери немцев были вызваны не только атаками англичан. 25 июля во время налета на авиационный завод Глостер в Хаклкоте Ju 88А из 5./KG 51 столкнулся в воздухе в районе аэродрома Саут Серни с учебным самолетом Miles Master и рухнул на землю. 27 июля в руки англичан попал почти неповрежденный Ju 88A-I. Юнкерс 9K+HL из 3./KG 51, дислоцированного на аэродроме Мелюн-Вильярош вылетел на бомбардировку Крю. В воздухе вышло из строя навигационное оборудование и самолет сбился с курса. Сбросив бомбы куда попало самолет совершил вынужденную посадку в Бакхолт Фарм, графство Суссекс. Англичане присвоили этому самолету обозначение АХ 919 подвергли его всесторонним испытаниям. 11 августа Ju 88 нанесли бомбовый удар но морской базе в Портленде. На следующий день 63 бомбардировщика из KG 51 совершили налет на Портсмут. 15 машин разбомбило радиолокационную станцию Вентор на острове Уайт.
Начало операции «Adler Tag» («День орла») пришлось на 13 августа 1940 года. В тот день немецкие бомбардировщики совершили несколько налетов на английские аэродромы. К тому времени на вооружении немецких бомбардировочных частей (три дивизиона KG 51 «Edelweiss», два дивизиона LG 1,11I./KG 4 «General Wever», I и II дивизионы KG 54 «Totenkopf») находились самолеты типов Ju 88А-1, Ju 88А-2 и Ju 88А- 5. На стадии перевооружения находились III./KG 54 и III./KG I. Самолетами Ju 88А оснащался и базировавшийся на аэродроме Аальборг в Дании KG 30 «Adler». 15 августа пятьдесят бомбардировщиков из KG 30 атаковало аэродром Дриффилд – базу 4-й бомбардировочной группы RAF. Прикрытие немецких бомбардировщиков осуществляли всего лишь несколько тяжелых истребителей Ju 88С-2. Немцам удалось разбомбить четыре ангара и уничтожить десять английских бомбардировщиков Armstrong- Witworth «Whitley» Mk. V. Английские истребители «Spitfire» из 616-го дивизиона и Hawker «Hurrikane» Mk. I из 73-го дивизиона RAF не оставили немцев безнаказанными. Было сбито несколько немецких бомбардировщиков, в том числе самолет Ju 88А-5 сержанта Р.Бира (Bihr), который записал на свой счет лейтенант Д.С.Скотт (Scott) из 73- го дивизиона. Ju 88А из II./LG 1 атаковали аэродромы Тангмере и Вестхампнетт. Потери составили три Юнкерса. Двенадцать Ju 88А из I./LG 1, базировавшегося на аэродроме Орлеан-Бриси, нанесло бомбовый удар по английскому аэродрому Миддл Уоллоп.