Спочатку Іван Петрович не мав наміру публікувати поему – вона поширювалася серед читачів у рукописних копіях, – але в 1798 році її видав у Петербурзі один із любителів українського слова, конотопський поміщик Максим Парпура. Згодом, у 1808 році, книговидавець І. Глазунов повторив це видання. Ці публікації робилися без відома і згоди автора, тому вийшли зі значними огріхами, які не могли не засмутити письменника. Текст мав багато помилок, різних відступів від оригіналу й перекручень, неминучих при багаторазовому переписуванні. Про незадоволення І. Котляревського свідчать і висловлювання автора в передмові до видання поеми 1809 року, підготованого вже ним самим, і своєрідне «покарання» Максима Парпури в тексті «Енеїди» – у виданні, яке контролював уже сам автор, він до третьої частини (великий опис пекла) додав строфу:
Проте ініціатива колезького асесора Максима Парпури, рід якого походить від конотопських дворян, у виданні «Енеїди» заслуговує лише схвалення й подяки нащадків. Хочеться вірити, що його метою була не тільки матеріальна вигода (сам він був досить заможним), бо видання вийшло в Петербурзі з посвятою: «Любителям малоросійського слова». М. Парпура, мабуть, і не знав, хто такий І. Котляревський, живий він чи ні, де перебуває. На обкладинці першого видання було написано: «Енеида на малороссійскій языкъ перелиціованная И. Котляревскимъ». Це видання містило три частини поеми з доданим у кінці адресованим російському читачеві словником під заголовком «Собрание малороссийских слов, содержащихся в “Энеиде”, и сверх того еще многих иных, издревле вошедших в малороссийское наречие с других языков или и коренных российских, но неупотребительных». Властиво, словник на 972 слова є початком коментаря до «Енеїди» і разом з тим помітним явищем української лексикографії кінця XVIII ст. Він став доброю основою для аналогічних словників у всіх подальших виданнях «Енеїди». Завважмо, що поема поширювалася в численних рукописних списках.
Відпрацювавши рукопис трьох перших частин і додавши четверту, вже сам автор у 1809 році видав доопрацьовану поему коштом полтавського поміщика Семена Кочубея. На титулі містилося авторське зауваження – «Вновь исправленная и дополненная противу прежних изданий», а на окремій сторінці – «Уведомление» автора: «“Энеида, на малороссийский язык переложенная”, в 1798 и 1808 годах была напечатана без моего ведома и согласия. Она досталась господам издателям со многими ошибками и упущениями, случившимися от переписки, и сверх того и издавшие многое в ней по-своему переделали и почти испорченную выпустили под моим именем. Я решился исправить и дополнить прежде напечатанные три части и, присоединив четвертую, издать все вместе.
Благословенное принятие Энеиды от публики будет наградою трудов моих; и ежели она принесет удовольствие читателям, то я поспешу предложить и пятую часть».
Певно, найголовніша ознака й окраса поеми «Енеїда» – це її мова, жива розмовна українська мова, соковита, колоритна, блискуча, народна мова. Справді, дехто називав її «мужичою», не розуміючи письменника, який насмілився писати нею літературний твір! «Педанти, – зазначав сучасник письменника, – здивувались і – замовкли. Жовчні люди схопили цю книгу з наміром потішитись, вилаяти її, знищити зухвалого письменника, але з перших сторінок їхній гнів минув – вони почали сміятися». Звичайно, українську народну мову й раніше використовували письменники, але в інтермедіях, сатиричних віршах та інших незнаних, переважно розважальних творах, де вона була лише засобом пародії, низького стилю. Іван Петрович примусив цей алмаз стати діамантом, засяяти всіма гранями. «Він зробив цю м'яку, виразну, сильну, багату мову мовою літературною, і українська мова, яку вважали тільки місцевою говіркою, з його легкої руки залунала так голосно, що звуки її рознеслися по всій Росії», – зазначав видатний літератор і громадський діяч В. Короленко. Іван Франко в сонеті «Котляревський» написав:
На відкритті пам'ятника Івану Петровичу Котляревському в Полтаві в 1903 році Михайло Коцюбинський сказав, що «…занедбане й закинуте під сільську стріху слово, мов фенікс з попелу, воскресло знову… і голосно залунало по широких світах із його творів».