Смуты улегались. На престоле сидел избранный государь, но, по молодости и по недавности своей власти, находился под влиянием бояр. В это время был восстановлен был печатный двор (типография) в Москве и предпринято печатание церковного требника. Дело это поручено Дионисию. Ему дали для работ двух монахов Троицкого монастыря, Арсения и Антония, и священника Ивана из монастырского Клементьевского села. Царь выбрал этих людей потому, что им известно было книжное учение, грамматика и риторика. Рассматривая напечатанный прежде «Потребник» (требник), Дионисий заметил в нем неправильности, а равным образом нашел в старых рукописных экземплярах много ошибок, вкравшихся в них от невежества. Таким образом, в конце многих молитв встречались неправильные выражения, имевшие смысл смещения лиц Св. Троицы савелианской ереси. В молитве, читаемой при водоосвящении, «Прииди, Господи, и освяти воду сию Духом Твоим святым», прибавлялось «и огнем». Прибавка эта вошла во всеобщее употребление, а между тем она вкралась в требник единственно по невежеству. Дионисий приказал выбросить ее из новопечатаемого требника. Но в Троицком монастыре, как вообще в русских монастырях, между монахами господствовало невежество, а некоторые из них воображали себя при этом людьми учеными и пользовались уважением в среде своей братии. Такими были у Троицы головщик (управляющий пением в церкви) Логин и уставщик Филарет. Дионисий был человек до чрезвычайности кроткий, а они отличались безмерным нахальством. Дионисий, глубоко проникнутый христианским чувством, видел бесплодность одного бессмысленного соблюдения обрядов и ввел чтение бесед евангельских и апостольских, некогда переведенных Максимом Греком и остававшихся без употребления. Дионисий приказывал их списывать и рассылал по другим монастырям и соборным церквам. Это до крайности не нравилось монахам; Логин и Филарет возбуждали против Дионисия братию и дерзко говорили ему: «Не твое это дело читать и петь: стоял бы ты, архимандрит, с твоим мотовилом на клиросе как болван немой». Дионисий переносил такие выходки. Логин и Филарет хвастались своим пением и умением читать, называли еретичеством «хитрость грамматическую и философство» и пускались в умствования самым нелепым образом. Так, опираясь на слова Св. Писания, что Бог сотворил человека по образу своему и подобию, они представляли себе Бога с членами человеческого тела. Дионисий должен был напрасно объяснять этим невеждам первичные понятия о том, что духовные предметы выражаются телесным образом. Обличая укоренившуюся привычку довольствоваться только формою и не внимать в смысл, Дионисий говорил им: «Что толку из этого, что ты поешь и читаешь сам, не разумея, что произносишь? Видишь ли, апостол Павел говорит: „Воспою языком, восхвалю же умом“. Тот же апостол говорит: „Если не знаю силы слова, какая из того польза? Бых яко кимвал“, т.е. все равно что бубен или колокол. Человек, не знающий смысла слова, которое произносит, похож на собаку, лающую на ветер; впрочем, и умная собака не лает напрасно, а подает лаяньем весть господину. Только безумный пес, слыша издалека шум ветра, лает всю ночь!» Надменные враги Дионисия возражали ему на это: «Пропали места святые от вас дураков, неученых сельских попов. Людей учите, а сами ничего не знаете». Наглость их наконец дошла до того, что однажды Логин вырвал у него в церкви книгу из рук; архимандрит махнул на него своим жезлом и сказал: «Перестань, Логин! Не мешай богослужению, не смущай братию». Но Логин вырвал у него из рук жезл и изломал.
Так обращались эти нахалы со своим архимандритом, пользуясь его кротостию. Наконец, Логин и Филарет подали на Дионисия донос в Москву и обвиняли в ереси за то, что он выбросил из требника слово «и огнем». Патриарха в Москве еще не было. Главным духовным сановником был крутицкий митрополит Иона, грубый и корыстолюбивый невежда. Собрав вокруг себя таких же невежд, он стал рассуждать с ними; и нашли они, что Дионисий еретик, вооружили против него и мать царя Михаила, инокиню Марфу Ивановну, женщину набожную в старом смысле слова.