Дионисий был призван в Москву и в Вознесенском монастыре в присутствии матери царя защищался от обвинений; но все было напрасно. Его признали еретиком, потребовали уплаты пятисот рублей пени. Но у Дионисия денег не было: он все растратил на дело спасения отечества. Его поставили на правеж в сенях, на патриаршем дворе, заковали, глумились над ним, плевали на него. Дионисий не только не падал духом, но смеялся и шутил с теми, кто ругался над ним. «Денег нет, – говорил он, – да и давать не за что. Эка беда, что расстричь хотят! Это значит не расстричь, а достричь. Грозят мне Сибирью, Соловками. Я не боюсь этого. Я тому и рад. Это мне и жизнь». Правеж продолжался несколько дней. За Дионисием посылали, приводили его пешком или привозили на кляче. В народе распространился слух, что явились такие еретики, которые хотят огонь из мира вывести. Раздражились против Дионисия особенно те, которые по роду своих занятий постоянно обращались с огнем, как например, разного рода мастера и повара. Когда Дионисия вели на правеж, они бежали за ним, ругались и кидались в него песком и грязью, а он, вместо того чтобы сердиться или унывать, смеялся над своим положением и острил над невеждами. Уважавшие его люди говорили: «Ах, какая над тобою беда, отче Дионисий!» – «Это не беда, – говорил им Дионисий, – это притча над бедою. Это милость на мне явилась: господин мой, первосвященный митрополит Иона паче всех человек творит мне добро». Раздражение против Дионисия усиливалось оттого, что в это время подступал к Москве Владислав, и в народе возникал страх, что Бог посылает свою кару за проявившуюся ересь. Не взявши ничего с Дионисия, его отправили в заточение в Кирилло-Белозерский монастырь, но не могли провезти его туда, потому что в это время Москву окружали неприятели. Дионисия засадили в Московский Новоспасский монастырь на покаяние.
Но не долго приходилось страдать ему. Царь заключил перемирие с поляками в Деулине. Последовал размен пленных. Отец царя, митрополит Филарет, возвратился в отечество в июне 1619 года, а находившийся в это время иерусалимский патриарх Феофан посвятил его в сан московского патриарха. Филарет знал Дионисия и через семь дней после своего посвящения принялся разбирать его дело вместе с Феофаном. Голос восточного патриарха считался авторитетом на Руси в подобных вопросах. Феофан объявил, что Дионисий совершенно прав, что прибавка «и огнем» неупотребительна на Востоке. Дионисия воротили в Троицкий монастырь с честью.
Во время заключения Дионисия в лавре оставался келарь Аврамий Палицын, вместе с воеводами, поставленными у Троицы, готовился отражать нападение Владислава на монастырь и принужден был сжечь монастырский посад. Со стен Троицкого монастыря встретили Владислава пушечные выстрелы. Королевич отступил и в трех верстах от Троицы, в селе Деулине, 1 декабря 1618 года, было заключено перемирие, после которого дело о размене пленных тянулось до половины июня 1619 года.