Производство CANT Z.506, начавшееся ещё в 1935, закончилось в январе 1943 — военные дела Италии стремительно «катились под гору», на море брали верх флот и авиация союзников, а вместо не слишком оправдавших возлагавшихся на них надежд «506-х» теперь строились более скоростные двухмоторные гидросамолёты «Фиат R.S.14». Всего было построено 315 самолётов CANT Z.506 модификаций «В» и «S» в 15 производственных сериях (IX серия была отдана под производство CANT Z.506C). При этом 140 из них сошли со стапелей компании C.R.D.A., а 175 построила фирма «Пьяджо». К сентябрю 1943 г. в авиации Итальянского Королевского флота (Aviazione per la Regia Marina) всё ещё числилось 68 боеготовых гидропланов CANT Z.506B, С и S.
После подписания перемирия 8 сентября 1943 г. в составе примкнувших к союзникам итальянских ВВС имелось 3 °CANT Z.506B и один CANT Z.506C, а 35 самолётов этого типа остались к северу от линии фронта и принимали дальнейшее участие в войне на стороне Германии. Почти все имевшиеся на севере «Аироне» были введены в состав 10-го авиакорпуса Люфтваффе, получили германские опознавательные знаки и с конца 1943 г. продолжили свою службу в качестве разведчиков и спасателей. На Адриатике CANT Z.506 модификаций «В» и «S» по-прежнему базировались в Медолино, (пригород Полы). 171-я эскадрилья действовала из французского Тулона, достаточно много самолётов работало над Эгейским морем, базируясь в основном на залив Суда на Крите. В дальнейшем большую часть «греческих» «цапель» немцы перебазировали в северную Италию.
К августу 1943 г. авиакомпания «Ала Литториа» была переименована в «Ала Итальяна» (Ala Italiana) и всё ещё располагала 12 CANT Z.506. После того как 8 сентября 1943 г. Италия подписала перемирие, все самолёты, находившиеся к северу от линии фронта, были переброшены в Триест и переданы в распоряжение 6-го отдела штаба морских сил Германии на Адриатике в Триесте (K.M.I. Stab Marine Adria-Abteiluna 6). В конечном итоге из всех переживших войну CANT Z.506/506C десять продолжали работать на линии Венеция — Триест — Фиуме — Зара, и лишь один CANT Z.506C с гражданской регистрацией I-DANO и военным серийным номером М.М.60637 остался в составе ВВС (Aeronautica Militare).