Родственники Иоанна Кронштадтского просили Петроградский губисполком отдать им «тело Гражданина РСФСР И. И. Сергиева» и разрешить перезахоронить его на одном из городских кладбищ. Иоанн Орнатский в письме от ноября 1923 года так описывал предполагаемый порядок перенесения останков: «Все работы по снятию мраморной плиты и изъятию наверх оцинкованного гроба будут произведены в присутствии представителей власти, родных и друзей покойного накануне в 8 ч<асов> вечера… Официально… не будет сообщаться о дне перенесения тела… Процессия двинется в следующем порядке: впереди крест и фонарь, затем один священник в облачении (каковым буду я…), затем колесница с гробом. Очень желательно, чтобы в 8 ч<асов> утра… был командирован в б<ывший> монастырь небольшой наряд милиции во избежание могущих произойти к<аких>-л<ибо> нежелательных эксцессов. Процессия пройдет по самым малолюдным улицам: Геслеровский пер<еулок>, Малый пр<оспект> П<етроградской> С<тороны>, 8-я линия, Камская ул<ица>. Тело почившего о. Иоанна будет предано земле в ряду общих могил… будет перенесена с бывшей могилы надгробная мраморная плита вместе с мраморным памятником, в который вставлена икона Преподобного Иоанна Рыльского».
Хотя прямого отказа со стороны властей и не было, но они раз за разом меняли даты и время возможного перезахоронения, маршруты процессии, состав участников, место захоронения… Так продолжалось до марта 1924 года, когда теперь уже родственники Иоанна Кронштадтского отказываются от идеи перезахоронения. По всей видимости, причина в том, что среди православных города отношение к перезахоронению было неоднозначным и в различные властные инстанции стали поступать коллективные протесты, да и самого Орнатского начинают упрекать в своеволии и стремлении «нажиться» на вновь создающемся «святом месте».
Но какое-то время всё оставалось по-прежнему — гробница находилась в закрытом Иоанновском монастыре; верующие приходили к обители. Над окном усыпальницы был начертан православный крест; его много раз смывали, пока крест не оказался высеченным на граните цоколя над окном. Возле этого погрузившегося в гранит креста возжигали свечи и клали цветы.
Время от времени в городской печати публиковались антирелигиозные провокационные статьи-призывы «посчитаться» с Иоанном Кронштадтским. К примеру, «Красная газета» в мае 1924 года сообщала: «Рабочие завода «Электрик»… взяли для себя дом общежития Иоанновского монастыря. Дом черной своры тунеядцев превратился в красную казарму тружеников. Все бы хорошо, да не совсем. Черные тени иоаннитов и белые платочки иоанниток все еще витают около бывшего монастыря. Там в подвале лежит их батя — Иоанн Кронштадтский. Там, по-ихнему, его мощи, а потому они и ходят туда плакаться и лизать пыльные стены подвала. Не пора ли разрушить старое гнездо черных ворон?»[285]
Однако в реальности монастырское здание получило нового «хозяина» — им стал государственный научно-мелиоративный институт. Начиналась новая жизнь: капитальный ремонт и перепланировка, снятие крестов и колоколов, обустройство кабинетов и лабораторий, актового зала и складских помещений… И все это время институтские, партийные, губернские и городские власти не могли прийти к согласованному решению о судьбе подвала, где находилась гробница. Лишь в феврале 1926 года малый президиум губисполкома вынес окончательное решение: гробницу замуровать.
Можно предположить, что поставить точку в судьбе гробницы и останков Иоанна Кронштадтского власти решились в связи с тем, что с просьбой о перезахоронении обратились приходской совет и прихожане Андреевского собора в Кронштадте. В заявлении в Ленинградский губисполком они писали: «Ввиду закрытия Ленинградского Иоанновского, что на р<еке> Карповке, женского монастыря, в подвальной церкви которого погребены останки протоиерея Иоанна Ильича Сергиева, приходской совет Кронштадтского Андреевского собора обращается в губернский исполком с ходатайством о разрешении перенести останки почившего Кронштадтского протоиерея в г. Кронштадт для погребения в Андреевском соборе, в подвальном его помещении. Протоиерей Иоанн Ильич Сергиев начал свою службу в Кронштадтском Андреевском соборе и кончил ее в том же соборе, прослужа в нем 53 года. В верующих массах почивший протоиерей был известен под именем Кронштадтского, и сейчас в памяти верующих он сохранил за собой звание Кронштадтского. Если обстоятельства заставляют потревожить гробницу прот<оиерея> Иоанна Сергиева и перенести его останки из усыпальницы упраздненного монастыря, то приходской совет Кронштадтского Андреевского собора, являясь выразителем мнения всего прихода, полагает справедливым, чтобы останки Кронштадтского протоиерея были выданы верующим того собора, где почивший протоиерей прослужил 53 года, и были в нем похоронены».