Лишь спустя четверть века, 14 июня 1990 года, на Поместном соборе Русская православная церковь прославила Иоанна Кронштадтского. За прошедшие с той поры годы по всей России построены или строятся, реставрируются или возрождаются храмы и приделы в честь «нового святого». По некоторым, конечно, неполным подсчетам, их сегодня более шестидесяти: от Архангельской епархии на севере до Владикавказа на юге; от Калининградской епархии на западе до БАМа на востоке.
В начале 1990-х годов в российской церковной печати стали публиковаться различного рода видéния и пророчества, приписываемые Иоанну Кронштадтскому. В них отразились реалии революционного времени — бесы в буденовках со звездами, пролитые реки крови… В видéнии также говорилось о преподобном Серафиме Саровском и царе-мученике Николае II. Даже в церковной среде нет полного единства мнений относительно «авторства». В светской исторической науке в большей мере присутствует критическое отношение к «подлинности». Речь не только о том, что ни в Житии кронштадтского пастыря, ни в каких-то других серьезных изданиях текст видéния не публиковался и о нем нет никаких упоминаний. Оно слишком отягощено детальной точностью изображения того, что в реальности случилось с Россией всего через несколько лет после смерти кронштадтского пастыря. Стиль изложения далек от стиля святого Иоанна Кронштадтского. Обычно он весьма кратко писал в дневниках о бывших ему видéниях. Столь же малоубедительна, по отсутствию объективных документальных источников, активно печатающаяся информация о якобы имевшей место встрече в конце XIX — начале XX века будущей Матроны Московской с Иоанном Кронштадтским.
В 1997 году верующим удалось выкупить квартиру отца Иоанна[290]. В 1999 году она, по благословению патриарха Алексия II, была зарегистрирована как церковно-общественный музей. Здесь проводятся Свято-Иоанновские чтения. Возвращены в ведение Церкви и возрождаются монастыри, связанные с именем Иоанна Кронштадтского: Иоанновский и подворье Леушинского монастыря в Санкт-Петербурге, Сурский и Веркольский — в Архангельской области, Ферапонтовский — в Вологодской области.
В последнее время особенно прославлен образ Божией Матери, связанный с именем Иоанна Кронштадтского, икона «Азъ есмь с вами, и никто же на вы». Эта икона написана в Леушинском монастыре. Она является списком с чтимой иконы Похвалы Божией Матери, бывшей главной святыней Леушинской обители. Игуменья Таисия, прося молитв отца Иоанна о своей обители, подарила ему список с этого образа, сделав на нем необычное написание: «Азъ есмь с вами, и никто же на вы». Иоанн молился перед этим образом. 27 мая 1905 года ему было видéние Божией Матери. Сохранился текст самого отца Иоанна, в котором он описывает это видéние. Видимо, в условиях уже разразившейся первой русской революции и возникло необычное название этой иконы, данное уже самим отцом Иоанном — Спасительница России. Незадолго до кончины отец Иоанн передал этот образ Серафиму Вырицкому, тогда еще петербургскому купцу Василию Муравьеву, сказав пророческие слова о том, что он будет молиться перед нею тысячу дней, подобно Серафиму, о спасении России и икона эта станет спасительницей России[291].
В современных условиях возникают и новые формы почитания святого. Например, малой планете № 16395 было присвоено имя «Иоанн Праведный».
Мощи праведного Иоанна Кронштадтского покоятся под спудом в Иоанновском монастыре на Карповке; здесь же находятся богослужебные предметы и облачения, принадлежавшие ему.
Верующим Русской православной церкви, да и вообще всей читающей публике возвращаются труды Иоанна Кронштадтского. Можно сказать, что к настоящему времени переизданы не только дореволюционные труды самого Иоанна, но и все наиболее значительные труды того периода о нем. Открыты ранее «секретные» и «для служебного пользования» архивные источники. Возобновил деятельность сборник «Кронштадтский пастырь», публикующий на своих страницах не только дореволюционные материалы, но и новые архивные находки. Готовится современное издание Полного собрания сочинений Иоанна Кронштадтского.
Поистине пророческими стали слова, сказанные когда-то отцом Иоанном:
ОСНОВНЫЕ ДАТЫ ЖИЗНИ И ДЕЯТЕЛЬНОСТИ
ПРОТОИЕРЕЯ ИОАННА КРОНШТАДТСКОГО