Закрыт Морской собор был первым из приходских храмов Кронштадта. 14 октября 1929 года церковная служба была прекращена, а собор передан в собственность Кронштадтского совета. В 1930 году, с началом эпохи индустриализации, все колокола и металлическая церковная утварь были изъяты для переплавки. В 1932 году в соборе был открыт кинотеатр «Нью-стар», названный затем именем Максима Горького. И если «старое» поколение ходить в «Максимку» не стремилось, то для городской молодежи, а затем и для морских офицеров и матросов кинотеатр стал на многие годы культурно-развлекательным центром. В 1939 году уникальное здание было передано Балтийскому флоту под Дом офицеров. С тех пор благодаря посильным заботам инженерной службы Кронштадтской базы оно в течение полувека сохранялось в относительно благополучном состоянии: в обитаемой части собора производились текущие ремонты, действовало отопление.
В начале Великой Отечественной войны 1941–1945 годов кинотеатр в соборе закрыли. На вершине купола был оборудован и до снятия Ленинградской блокады действовал наблюдательный и корректировочный пост корабельной и береговой артиллерии Кронштадта. В ходе военных действий в собор попало несколько немецких снарядов.
В 1953–1954 годах проводились сложные работы по реконструкции и приспособлению здания под зрительный зал гарнизонного военно-морского клуба, который был открыт 22 февраля 1955 года, накануне 37-й годовщины Советской армии и Военно-морского флота.
В начале 1960-х годов Кронштадтская крепость была упразднена, сокращена численность гарнизона. Матросский клуб разместили в здании бывшего Морского собрания, а киноконцертный зал, размещенный в соборе, стал филиалом Дома офицеров. Только в 1976 году Морской собор был взят под охрану государства как памятник архитектуры, и на средства Военно-морского флота были проведены большие ремонтно-реставрационные работы. С 1980 года здесь работал музей «Кронштадтская крепость» — филиал Центрального военно-морского музея.
История возрождения Никольского собора как культового здания началась при патриархе Алексии II (Ридигере). В ноябре 2005 года в заброшенных стенах была совершена первая с момента закрытия Божественная литургия. 19 апреля 2012 года, в четверг Светлой седмицы, патриарх Московский и всея Руси Кирилл (Гундяев) совершил чин малого освящения собора. В мае 2013 года, к столетию первого освящения собора, патриарх Кирилл и патриарх Иерусалимский Феофил (Яннопулос) совершили первую в полностью возрожденном соборе Божественную литургию. Отныне собор живет новой старой жизнью!
…Трагично сложилась судьба Андреевского собора. С 1923 года его настоятелем был протоиерей Николай Симо, который деятельно выступал против всех попыток обновленцев захватить храм. 13 октября 1930 года, в канун праздника Покрова Пресвятой Богородицы, отец Николай был арестован[281]. Его обвинили в руководстве «контрреволюционной организацией», состоявшей из бывших офицеров, дворян, которые были враждебно настроены к советской власти и распространяли среди горожан монархические идеи. Согласно официальной версии «гнездо» монархизма и контрреволюции появилось в Кронштадте до революции, сразу же после смерти Иоанна Кронштадтского, последователем которого был Николай Си-мо. Члены общества, как сказано в обвинении, преследовали следующие цели: «Объединять враждебно настроенных лиц к существующему строю, проводить соответствующую работу среди личного состава воинских частей с целью вызвать недовольство по отношению к существующему строю и уверить население в недолговечности «жидовской соввласти» и преимуществе твердой, единой монархической власти перед ней».
Позднее дело Николая Симо было объединено следствием с делом «всесоюзной контрреволюционной организации «истинно-православных», т. н. иосифлян — сторонников митрополита Иосифа (Петровых), отказавшихся подчиняться митрополиту Сергию (Страгородскому)»[282].
Следствию было известно, что Николай Симо не принадлежал к числу последователей митрополита Иосифа и не разделял его позицию в отношении митрополита Сергия (Страгородского). Но ОГПУ сделало «хитрый ход», обвинив «истинно-православных» в активном привлечении к своей «антисоветской деятельности» иоаннитов — последователей Иоанна Кронштадтского. Пытаясь это доказать, следователи в течение десяти допросов добивались от отца Николая сведений о местонахождении Пустошкина — руководителя московской группы иоаннитов, с которым, как они знали, он поддерживал самые тесные отношения. Однако отец Николай категорически отказался это сделать[283].