В квартире, где жил отец Иоанн, возник, пока еще на общественных началах, музей его памяти, где хранились обстановка, предметы, личные вещи, семейные артефакты, литература, письма, фотоматериалы. Кабинет пастыря был фактически мемориализован тут же, по горячим следам. Побывавший через год после кончины отца Иоанна в его квартире корреспондент «Петербургского листка» отмечал, что даже одеяло на кровати, на которой преставился отец Иоанн, лежало также, скомканным, как в момент смерти. Никто не решался касаться его и разглаживать. В гостиной, угловой комнате, возникла своего рода часовня, где приходившие почитатели отца Иоанна служили панихиды. Кабинет же открывался, как правило, в памятные дни, и обстановка в нем сохранялась прежней. На стене дома, где жил Иоанн, была установлена мемориальная доска.
Все свидетельствовало о намерении светских и церковных властей «прославить» всероссийского пастыря, в святости которого конечно же никто не сомневался, и, по сути, был лишь один вопрос: когда? Называлась даже конкретная дата — 1918 год, к десятилетию кончины Иоанна. В истории русского православия столь быстрая канонизация известна только в отношении лишь нескольких подвижников: Борис и Глеб в Древней Руси, Сергий Радонежский. Можно предполагать, что именно поэтому и само погребение было сделано неглубоко. На это же указывает и тот факт, что в храме Иоанна Богослова на Леушинском подворье, в его левом приделе, были устроены иконостас и престол, но они не освящались. Видимо, настоятельница подворья Таисия ожидала скорого прославления Иоанна Кронштадтского и хотела посвятить этот придел ему.
Но все надежды и планы поломала жесткая историческая реальность: Первая мировая война, Февральская и Октябрьская революции 1917 года, Гражданская война и военная иностранная интервенция, национализация церковной собственности, вскрытия святых мощей, изъятие церковных ценностей, закрытие храмов и монастырей. Православная церковь, потеряв своего исторического «партнера» — самодержавие, утратила статус государственной, будучи наравне с другими религиозными организациями «отделенной» от государства. Православно-христианское государство ушло в небытие, а на смену ему пришло государство светское — со своими ценностями и приоритетами в мировоззренческой сфере.
Общество, еще недавно казавшееся духовно цельным и сплоченным вокруг православной веры, царя и отечества, оказалось на деле столь многообразным по национально-религиозным мироощущениям, что удержать его в целостности могла только идея свободы совести, с присущим ей признанием за всеми права на религиозный выбор и равенства всех религий, церквей, вероисповеданий, культов перед законом. Считаться приходилось и с тем, что огромные народные массы в силу различных объективных и субъективных причин и обстоятельств «ушли» из Церкви, на какое-то время определив для себя первоочередными проблемы земного обустройства и бытия «по-новому». Маятник общественных настроений качнулся в сторону обмирщения, религиозной индифферентности и даже неверия.
Первым недобрым для почитателей Иоанна Кронштадтского симптомом перемен стала попытка властей в конце 1917-го — начале 1918 года закрыть часовню в квартире Иоанна, а тем самым разорить и саму квартиру. По логике революционного права, церкви (православные общества) могли быть организованы исключительно как приходские, то есть в отдельно стоящем культовом здании, передаваемом группе верующих, вне всякого рода учреждений и жилых помещений. Патриарх Тихон, узнав об этом, высказал мысль об устроении в ней приходской церкви.
Во время своего приезда в Петроград в июне 1918 года патриарх Тихон побывал в квартире Иоанна Кронштадтского. По его благословению вскоре после этого там была устроена общедоступная церковь во имя Святой Живоначальной Троицы, приписанная к Андреевскому собору. Был установлен алтарь и даже устроена звонница из семи колоколов. Здесь служилась литургия и всегда было много народа. Храм действовал еще почти десять лет.
Трагично сложилась судьба культовых зданий в Кронштадте, связанных с именем Иоанна Кронштадтского.
До 1918 года Морской Никольский собор принадлежал Морскому министерству и находился в ведении протопресвитера военного и морского духовенства. После упразднения в феврале 1918 года института военного и морского духовенства все храмы ведомства перешли в ведение епархиального архиерея. В 1918 году здание собора, как и все церковные строения в Советской России, в соответствии с Декретом об отделении церкви от государства и школы от церкви было национализировано и в марте 1919 года передано по договору в пользование прихожанам.