Иоанн Кронштадтский всемерно одобрял и поддерживал курс Столыпина, воспринимая его как необходимый жесткий ответ «разорителям» России. Ему казалось, что наступает некое успокоение в стране, возвращение к порядкам, взорванным революцией 1905 года. Он считал, что кроме силовых мер в отношении «зачинщиков» и «возмутителей» беспорядков необходимо общее покаяние и осознание грехов. Он взывал: «Крепись, Россия! Но и кайся, молись, плачь горючими слезами перед твоим небесным Отцом, которого ты безмерно прогневала!.. Господь, как искусный врач, подвергает нас разным искушениям, скорбям, болезням и бедам, чтобы очистить нас, как золото, в горниле. Душа, закосневшая во грехах всякого рода, нелегко поддается чистке и врачеванию, но с большим принуждением и терпкостью, и только через долгий опыт терпения и страданий осваивается с добродетелью и начинает горячо любить Бога, коего была чужда, научившись всяким грехам плотским». Раз за разом повторял Иоанн, что происшедшее с Россией есть «праведная кара Божья за грехи русского народа». Он требовал осознания этого ото всех и предлагал и вполне прагматичные пути к «возрождению России» — защита монархии и государственной церкви, безусловное исполнение всех и всяческих благопожеланий «истинно русских людей», объединившихся в патриотические организации под лозунгами Православия, Самодержавия и Народности.
Если события на политическом фронте радовали Иоанна, то поступавшие в его дом известия личного характера — огорчали. Так, 8 июня пришло сообщение о смерти барона О. О. Буксгевдена — многолетнего соратника Иоанна по благотворительной деятельности и в деле учреждения домов трудолюбия в России. С особой тяжестью в сердце воспринимался тот факт, что кончина его была трагична: он был убит собственным психически больным сыном.
В августе же взволновали и нарушили покой свершившиеся перемены в церковно-административном устройстве Санкт-Петербургской епархии. Было учреждено Кронштадтское викариатство, а 6 августа 1907 года в Свято-Троицком соборе Александро-Невской лавры архимандрит Владимир Путята был рукоположен во епископа Кронштадтского, с одновременным поручением заведовать всеми русскими заграничными церквями в Европе, за исключением церквей, находящихся в Афинах и Константинополе.
Каких-либо сведений о знакомстве Иоанна с новым епископом выявить не удалось. По всей видимости, пути их не пересекались. И не мудрено, Путята — представитель древней родовитой фамилии, столпом которой был киевский тысяцкий Путята, прославившийся при князе Владимире насаждением христианства в Новгороде. Тот самый, что фигурирует в известной пословице народной: «Путята крестил мечом, а Добрыня огнем». Епископ Владимир Путята получил прекрасное образование, знал несколько иностранных и древних языков, имел магистерскую степень. К тому же, как поговаривали, он был с молодости близок к императору Николаю II. Одновременно в церковном мире известны были и слабости этого внешне очаровательного мужчины — любовь к дамскому обществу и светской жизни, весьма вольное распоряжение казенными деньгами в период служения настоятелем посольских церквей в Риме и Париже.
Понятно, что интересы приходов, вошедших отныне в состав Кронштадтского викариатства, были весьма далеки от планов и намерений нового епископа. Да, собственно, он и не скрывал, что именно «под него» было создано викариатство, чтобы хиротонисать его во епископы и одновременно вывести из сложной ситуации недовольства им со стороны Синода и заграничных государственных служб слишком вольным и свободным стилем жизни. Вряд ли такой выбор одобрялся Иоанном Кронштадтским, хотя он и не успел близко познакомиться с новым епископом. Да и тот как-то к этому и не стремился, хотя «не замечать» настоятеля главного (и в духовном, и в материальном отношении) собора своего викариатства не мог.
На сентябрь 1907 года пришлись еще две потери близких Иоанну людей. 10 сентября, возвращаясь из поездки в Астрахань, Иоанн остановился в Москве. По сложившейся практике он намеревался отправиться с визитом к своей покровительнице М. П. Дюгамель. Но выяснилось, что она скончалась буквально накануне его приезда в Москву. Иоанн тотчас приехал в ее дом поклониться праху и отслужил парастас — заупокойную молитву. Спустя три недели, 28 сентября, пришло известие о скоропостижной кончине В. А. Грингмута. Примечательно, что хоронили одного из лидеров русских монархистов в День Покрова Пресвятой Богородицы, ставший праздничным днем для монархического движения.