Конфликт между Антонием и Дубровиным приобрел публичное звучание, когда 2 декабря 1906 года было опубликовано открытое письмо Дубровина митрополиту. Приведем несколько характерных цитат из этого документа. «Воспитанный в духе либеральных веяний 60-х и 70-х годов, Вы, овдовевши, из профессорского фрака спокойно переоделись в рясу; но ряса не согрела Вас: и до сих пор Вы остались, в сущности, в том же фраке — бездушным, формальным исполнителем не духа, а буквы закона», — пишет Дубровин. Кроме того, по мнению Дубровина, владыка Антоний находится в союзе с «преступным провокатором» графом С. Ю. Витте, а также покровительствует церковному либерализму: «Вы… превратили Духовные академии в революционные гнезда, предоставив им автономию… все противоцерковное, противогосударственное в среде духовенства выросло около Вас, пользовалось Вашим покровительством в столице». Были и политические обвинения: «…при Вашем безмолвии и потакательстве рясофорным крамольникам дело революции шло успешно: бунтовал «Потемкин», бунтовали запасные, бунтовали рабочие, бунтовали академии и семинарии, гибло народное достояние, поджаривая на горячих плитах русских патриотов-рабочих, расстреливали губернаторов, солдат, казаков, полицейских. Шайки грабителей врывались среди белого дня в банки и общественные учреждения, в винные лавки и почтовые конторы, на фабрики и заводы, в магазины и жилища частных лиц и, нагло угрожая смертью и часто зверски убивая, расхищали деньги и драгоценности… Русская жизнь целиком потекла под аккомпанемент револьверных выстрелов
Наступивший 1907 год видимых изменений в ситуацию в стране не принес. Вплоть до лета, то есть до разгона и Второй Государственной думы, страна продолжала испытывать на себе тяжкое дыхание революции.
В жизнь же Иоанна год этот принес множество личных страданий и переживаний. Первым из ударов судьбы стала пришедшая в дом Иоанна в конце марта газетная весть о смерти бывшего многолетнего обер-прокурора Синода К. П. Победоносцева. Отправленный Николаем II без какого-либо сожаления в отставку в бурный 1905 год, он жил в столице практически в одиночестве, стараясь не привлекать к себе внимания общественности. Но, безусловно, переживая и предательство Николая II по отношению к себе лично, и «церковные нестроения».
Отложив газету со скорбным сообщением, Иоанн предался воспоминаниям. Почему-то сразу припомнилась речь Победоносцева в Государственном совете в марте далекого 1881 года при вступлении на пост обер-прокурора. «Что такое Конституция? — вопрошал он. — Орудие всякой неправды, источник всяческих интриг. — К чему привело освобождение крестьян? — К тому, что исчезла надлежащая власть, без которой не может обойтись масса темных людей. — Что такое новые судебные учреждения? — Новые говорильни адвокатов«…Под каждым словом Иоанн сегодня, как и вчера, мог подписаться.
— Теперь его нет… — говорил сам себе Иоанн, — нет защитника веры и Церкви, православной государственности и патриархальных устоев, на которых зиждилась Великая Россия… а без них какая же Россия?
Припомнились и другие слова, сказанные Победоносцевым во время недавних обсуждений в правительстве реформ вероисповедных, допускавших свободу в России и для протестантских общин: «Я знаю, господа, государства, — говорил он, — в которых допущено обращение иностранной монеты, но я не знаю такого, в котором допускалось бы обращение фальшивой!»
— Как верно, как верно сказано, — проговорил негромко Иоанн. — Эх, как жаль, что не провел он до конца свои проекты: запретить сектантам покидать города и деревни; судить не мирским, а духовным судом; в паспортах отметину поставить, чтобы не могли ни быть наняты, ни укрыты, чтобы само пребывание их в России стало невозможным; запретить законом покупать, продавать, иметь собственность; а детей у них отнять и воспитывать в православной вере — сейчас бы не маялись! А теперь они — неверные, иноверные, жиды, раскольники… и прочая нечисть — встали вкруг, бунтуют против трона, церкви Русской, надеясь на погибель земли Русской, веры православной, народа русского! А с ними все те, в ком нет веры, нет благочестия, нет любви к отечеству!