Отныне всякие «союзы и движения», образованные «таким» духовенством или «такими» активными мирянами, брались под жесткий контроль правящих архиереев. Иоанн приветствовал этот подход и вносил свою лепту в осуждение духовных лиц, «соблазнившихся» революцией и реформами в Церкви. Показательно его отношение к популярному в те годы священнику Григорию Петрову, автору выдержавшего десятки изданий труда «Евангелие как основа жизни»; на чьи проповеди в церкви Михайловского артиллерийского училища стекались и бедный люд, и образованное высшее общество, активному борцу за народную трезвость. Его взгляды отличались от официального православия, распространяемого епископатом и подведомственным ему духовенством. Он ратовал не за внешние, обрядовые формы религиозности, а стремился раскрыть внутреннее нравственное содержание христианского учения, обратить человека на путь самоуглубленного анализа своего «я», своей веры и вытекающей из них деятельности. В чем-то его идеи имели точки соприкосновения со взглядами Льва Толстого.
Популярность Григория Петрова была столь велика, что кадеты сделали всё, чтобы провести его во Вторую думу, где он стал членом кадетской фракции. По завершении выборов Петров направил телеграмму в адрес Думы со словами, выражавшими его политические и нравственные идеалы: «Привет излюбленным избранникам народа, начальникам измученной страны. Пред Думою — труд великой важности. На месте курной, убогой, завалившейся бюрократической избы, где долгие века насильственно томился хозяин страны — народ-великан, — надлежит создать великий храм народовластия с широким простором свободы и высоким куполом вечной Божией правды. Дружно, избранники-братья! За работу, мудро взвешивая каждый взмах своего трудового молота! Все, кто любит искренно народ, кому дороги заветы правды, кто жизнь готов отдать за общее благо, — в общий строй плечом к плечу, в общей борьбе за благо и право народа, в тесном общении со всею страной! Бог в помощь твердо начать и успешно в свое время кончить дело обновления России! Началась всеобъемлющая и свободная правда».
Иоанн спешит заклеймить отступника, вместе с которым он еще так недавно совместно участвовал в церковно-общественных акциях, но теперь оказавшегося на другой стороне политико-церковного фронта. «Учение это, — имея в виду взгляды Григория Петрова, пишет священник, — опасно в нравственном отношении, ибо прививает народу страшную по своим последствиям похоть власти, ту похоть, от которой более всего желал отвратить Иисус Христос своих последователей. Учение это не христианское… ибо Царь наш и Владыка — Бог, а не народ; Господь воцарися, в лепоту облечеся, — Господь властвует, а не народ; от Бога и власть земная, а не от народа; Бог избирал царей и помазывал, а не народ; Господь возводит и низводит царей, а не народ. Народ в той же мере может избирать царя, как дети избирают отца и мать».
Следует подчеркнуть, что отношения лидера черносотенцев Дубровина с первенствующим членом Синода митрополитом Петербургским и Ладожским Антонием (Вадковским) были далеко не безоблачными. Владыка Антоний критиковал лидеров «черной сотни» за вмешательство в сферу деятельности Церкви, а также и тех священников, которые активно занимались политической (преимущественно правой) деятельностью. 15 ноября 1906 года представители Главного совета Союза русского народа явились к митрополиту, чтобы просить его совершить богослужение по случаю освящения хоругви и знамени союза. Антоний решительно отказался. Возникла перепалка, и, как потом свидетельствовал Дубровин, архиерей заявил, что «…правым вашим партиям я не сочувствую и считаю Вас террористами: террористы — левые бросают бомбы, а правые партии вместо бомб забрасывают камнями всех с ними не согласных».
Монархисты нашли замену митрополиту в лице Иоанна Кронштадтского. Именно он 26 ноября 1906 года, в день памяти Георгия Победоносца, явился в Михайловский манеж на митинг-собрание монархистов. В присутствии более двадцати тысяч человек он окропил хоругвь и знамя Союза русского народа святой водой, с благоговением поцеловал знамя и вручил его преклонившему колена председателю союза Дубровину, а затем напутствовал монархистов приветственным словом. Когда пламенную речь произнес Дубровин, сообщавший, как не по дням, а по часам растет Союз русского народа, превращаясь в грозную для врагов силу, Иоанн приветливо слушал и одобрительно кивал головой.
Наверное, нельзя не учитывать и личных взаимоотношений Иоанна и Антония. Хотя публично они выглядели благопристойно: как отношения приходского священника и правящего архиерея. Но все знали, что в них не было «христианской любви», а — взаимная неприязнь и предубежденность. С очевидностью со стороны Иоанна это прорвется в его дневнике поддатой 7 октября 1908 года: «Господи, убери м<итрополита> Антония… и проч<их> неверных людей! Пошли твердых в вере и благочестии. Буди!»