После того как были обнаружены вирусы иммунодефицита и у человека, и у приматов, ученые сразу стали детально анализировать устройство их генетического аппарата (генома). Тут и выяснилось, что у всех этих вирусов имеется некое сходство, но величина этого сходства очень сильно отличается. По величине сходства и стали пытаться установить степень родства. К настоящему время существует несколько версий того, как появился на свет ВИЧ, который сегодня паразитирует в человеке. Одна из них гласит: давным-давно жили-были некие вирусы, и жили они в гармонии со своими хозяевами — обезьянами. Все эти вирусы были похожи друг на друга, поэтому звали их одним именем BИО (вирус иммунодефицита обезьян). Но сходство между ними было далеко не полное. Обычно каждый из ВИО у своих природных хозяев не вызывал СПИДа. Вероятно, в ходе длительной совместной эволюции в организме хозяев возникли специальные сильные защитные механизмы. Первоначально ученые думали, что обезьяны способны каким-то образом подавлять развитие «собственных» вирусов и в их крови нет большого количества ВИО. Однако в результате анализа крови обезьян выяснилось, что в каждой капле их крови содержатся миллионы вирусных частиц. Тогда от предположения о способности организма обезьян подавлять вирусы пришлось отказаться. Для объяснения ситуации была предложена другая версия: ВИО по какой-то причине, размножаясь, не убивают клетки обезьяны. Однако и это предположение оказалось неверным. Вирусы постоянно уничтожали значительное количество клеток. Скорее всего, обезьяны просто оказались способны быстро восполнять массовую потерю клеток.
Обезьяны, зараженные своими «родными» ВИО, сами не болеют, однако они могут заражать обезьян других видов, в частности при совместном содержании в зоопарках. Так, у японских макак, никогда не сталкивавшихся прежде с ВИО в природе, инфицирование этим вирусом сопровождалось развитием СПИДа, заканчивающимся летальным исходом. Все это вместе с другими данными, а также результатами анализа генома различных вирусов иммунодефицита человека и обезьян указывало на их тесное родство. Постепенно созрело предположение, что человеческий ВИЧ-2 произошел из вируса, который существует в Африке в природных популяциях дымчатых мангобеев. ВИЧ-2 особенно близок по структуре своего генетического аппарата к этому обезьяньему вирусу, и, кроме того, описано несколько случаев заражения людей именно этим обезьяньим вирусом, причем у инфицированных развивались все симптомы, вызываемые ВИЧ-2. Экспериментальное заражение дымчатых мангобеев, напротив, приводило к развитию хронической инфекции без каких либо симптомов СПИДа. На основании всех этих фактов был сделан такой вывод: инфекция, вызываемая ВИЧ-2, — типичный зооноз (болезнь животных, которая перешла на человека), а природный резервуар вируса находится в популяции дымчатых мангобеев (Cercocebus atys), проживающих в Западной Африке. Более того, были найдены доказательства, что появление разных субтипов ВИЧ-2 (все его варианты разделяются на субтипы — от А до Е), вероятнее всего, связано с несколькими заносами ВИО в человеческую популяцию. Таким образом, на сегодняшний день наиболее правдоподобным кажется предположение, что именно BИО обезьян-мангобеев перебрался в человека и стал ВИЧ-2 (рис. 14). B результате из тихони вирус превратился в убийцу. Здесь ситуация кажется более или менее понятной. Однако ВИЧ-2 очень мало распространен среди ВИЧ-инфицированных и больных СПИДом, подавляющее большинство содержат другой вариант — ВИЧ-1.
Рис. 14. ВИЧ-1 происходит, скорее всего, от BИО шимпанзе по имени Pan troglodytes troglodytes (А), а ВИЧ-2 происходит от BИО димчатого мангобея, носящего латинское название Cercocebus atys (Б). Между разными ВИЧ и BИО существуют родственные взаимосвязи (B). Длина линий на этом рисунке B отражает степень родства разных вирусов. Считается, что за все время имели место по крайней мере три переноса вируса от шимпанзе к человеку и семь раз вирус мангобея переносился к человеку