Составленное Юстинианом в 551 г. и обращенное ко всей полноте Кафолической Церкви исповедание веры (omologia pistews) содержит проект и основные мотивы решений 553 г.40 Император упорно отстаивает ортодоксальность теопасхистских формул, ставших для него критерием православия. Но делает он это не в ущерб Халкидонскому вероопределению; решительно отвергая идею слияния (sugcusis) Божества и человечества во Христе, Юстиниан твердо настаивает на необходимости признания двух природ, осуждая нежелание монофизитов «подсчитывать число (ariqmos) природ». Единство Христа выражается понятием ипостаси, а не природы; таким образом, Юстиниан (вслед за Леонтием Иерусалимским) вполне осознает различие между природой и ипостасью, оставаясь убежденным приверженцем Халкидона. Не принимая полностью терминологию Леонтия, Юстиниан усвоил ее главную идею: природа может существовать только в ипостаси; в противном случае она остается лишь неопределенной абстракцией (aoriston). Благодаря Ипостаси Логоса человечество Христа получает во чреве Марии полноту своего бытия. Таким образом, для ипостаси существует возможность сделаться сложной (upostasis sunqetos), потому что, будучи источником существования, ипостась не может утратить своей самотождественности (to idion), в то время как компоненты сложной природы (jusis sunqetos) лишаются своего самостоятельного существования. Если бы Христос обладал сложной природой, а именно это утверждал Севир, Он не был бы ни Богом, ни человеком, но некой новой природой; тогда как в действительности Он есть и Бог, и человек в Своей сложной Ипостаси. Пытаясь дать определение этого единства, Леонтий Византийский использовал образ человеческого индивидуума, состоящего из души и тела, двух различных природ, соединенных в одной ипостаси. Юстиниан понимал всю недостаточность этого образа, который монофизиты, не разделявшие оригенистских взглядов Леонтия, сразу же истолковали в свою пользу, поскольку тело и душа составляют одну человеческую природу. Император утверждал, что этот образ может быть использован только для описания самого ипостасного единства Христа, но не его сложного характера, поскольку две природы во Христе не являются ни взаимодополняющими, подобно душе и телу, ни одновременно сотворенными, так как нетварное Божество существовало и до Воплощения.
Юстиниан открыто противостоял монофизитству, отстаивая единичное понимание ипостаси и ведя полемическое сражение с Севиром по вопросу о «числе» природ. Тем не менее, он сделал ряд существенных терминологических уступок Севиру. В частности, Юстиниан полагал, что две природы во Христе возможно различать только «словесно или созерцательно, а не как две различные вещи» (logw monw kai qewria, ou mhn autwn twn pragmatwn ecei thn diaresin). Именно в таком смысле понимал две природы (duo juseis en qewria) и Севир. Кроме того, императорское исповедание веры провозглашало истинно православной формулу св. Кирилла (mia jusis tou Qeou Logou sesarkwmenh). После краткого изложения дифизитской христологии император продолжает: «Исповедуя это учение, мы в то же время принимаем и выражение св. Кирилла, учившего лишь об одной воплощенной природе Бога–Слова…, поскольку всегда, когда св. Отец говорил mia jusis tou Qeou Logou sesarkwmenh), он использовал слово «природа» в значении «ипостаси».
Далее Юстиниан приводит отрывки из «Послания к Суксенсу» св. Кирилла, стремясь доказать, что монофизитством окрашена только терминология св. Кирилла, в то время как суть его учения согласуется с определением Халкидонского Собора.
Юстиниан шел навстречу монофизитам настолько, насколько позволяла его верность Халкидону. Многие православные, например Ипатий Ефесский на совещании 532 года, — безоговорочно принимали только те творения св. Кирилла, которые были официально одобрены в Ефесе и Халкидоне. Религиозная политика Юстиниана, напротив, состояла в том, чтобы, полностью восстановив авторитет св. Кирилла среди православных, привести монофизитов к принятию Халкидонского собора. Существовало только одно средство добиться единства веры: надо было показать обеим сторонам, что противоречия между св. Кириллом и Халкидоном имели не более чем терминологический характер. В 553 году эта политика была принята официально в результате посмертного осуждения тех, кто, естественно, уже не мог себя защитить, но чьи произведения представляли серьезное препятствие на пути окончательного триумфа александрийского богословия.