С одной стороны, Леонтий и формально, и лично отвергает Аполлинария, настаивая на том, что человеческая природа должна быть «одушевлена» не Логосом, но истинной человеческой душой: если Христос имел человеческую природу, он должен был также иметь и душу. С другой стороны, он никоим образом не сомневается в исторической реальности человечества Христа, которое является для него «некоей особой природой» (jusis idikh tis). Нерешительность, угадываемая в этом определении, ясно обнаруживает замешательство Леонтия в момент, когда ему необходимо выразить в общих терминах уникальность человечества, Ипостась которого не есть человеческая ипостась. Он говорит об «особой природе», но отказывается сказать «особая ипостась». Его попытка выразить тайну посредством системы определенных понятий не увенчалась успехом. Определив ипостась как «природу, ограниченную особыми свойствами» (jusis meta idiwmatwn; в этом Леонтий следовал за св. Василием Великим), он продолжает описывать Ипостась Воплощенного Слова как воспринявшую, помимо изначальных божественных свойств (idiwmata), новые качества. В результате получается, что после Воплощения она определяется «более сложными свойствами» (sunqetwteron), нежели до Воплощения, т. е. свойства человеческой природы добавляются к свойствам природы Божественной.
Непоследовательность в рассуждении очевидна. С одной стороны, ипостась определяется как «природа, ограниченная особыми свойствами», и в то же время «индивидуальная природа» человечества Христа не является ипостасью. Понятно, что Леонтий оказался неспособен дать метафизическое определение ипостаси. Однако ему удалось несколько прояснить значение понятия ипостась, поскольку он двигался, хотя и ощупью, но в правильном направлении. В этом отношении его мысль явилась развитием христологии св. Кирилла.
Со времени Халкидона, установившего различие между природой и ипостасью в христологии, для апологетов Собора стало вполне естественным применять к учению о Воплощении понятия, которые каппадокийские Отцы использовали для выражения тайны Пресвятой Троицы. Этот переход из области собственно богословия в область икономии не был, однако, лишен трудностей, и монофизиты упорно отказывались от этого шага. Согласно св. Василию Великому, в Боге три Ипостаси и единая природа, в то время как Халкидон утверждает во Христе две природы и одну ипостась. И в том, и в другом случае ипостась обозначает «кого–то», а природа «что–то». Другие определения, носящие более философский характер, лишь усложняют эту аналогию. Если вместе с Леонтием Иерусалимским принять, что ипостась есть «природа, ограниченная особыми свойствами», следует неизбежно признать во Христе две ипостаси. Если же, подобно Леонтию Византийскому, определить ипостась как существование «само по себе», возникает тенденция к превращению Троицы в трех богов. Если в конце концов встать на томистскую точку зрения, согласно которой Божественные Ипостаси — не более, чем «отношения» внутри Божественной сущности, то неизбежно придется истолковывать теопасхистские взгляды св. Кирилла как использование понятия страстности применительно к Божественной природе; или объяснять страдание, не прибегая к идее теопасхизма, признав во Христе, подобно Феодору Мопсуэстийскому и Несторию, человеческое «я» как субъект страдания и всей человеческой деятельности воплощенного Слова.
Ни тайну Троицы, ни тайну Воплощения невозможно выразить, не выходя за рамки платоновского и аристотелевского противопоставления абстрактного и конкретного. Богословская мысль, постепенно развивавшаяся в период между Халкидонским Собором и царствованием Юстиниана, определяла понятия природы и ипостаси как в равной степени конкретные и реально различные. Мы уже видели, что, согласно каппадокийцам, ипостась не может быть сведена ни к понятию «особенного», ни к понятию «отношения».
Ипостась — не производное от природы, но то, в чем природа существует, самый принцип ее существования. Такое понимание ипостаси возможно использовать и в христологии, поскольку оно подразумевает полноту человеческой природы без какого–либо ограничения, «воипостазированной» Словом, Которое есть Божественная Ипостась. Такая концепция предполагает, что Бог — личностное существо, не ограниченное Своей собственной природой; ипостасное существование является гибким и «открытым», тем самым признается, во–первых, возможность Божественных действий (энергий) вне Божественной природы и, во–вторых, принимается, что Бог способен личностно и свободно воспринять истинную человеческую природу, оставаясь при этом Богом, природа Которого совершенно трансцендентна.