«Исповедание веры» Юстиниана содержало в себе 14 анафематизмов, которые Собор 553 года просто переработал, не изменяя содержания. Значение анафематизмов понятно: представляя их на одобрение Собора, Юстиниан стремился снять с Халкидона обвинения в несторианстве (см. особенно анафематизмы 5, 6 и 14). Повторное осуждение несторианства «Трех глав» в том виде, в каком оно там содержится, выражается в неоднократном утверждении единства субъекта воплощенного Слова (анафематизмы 2, 3, 4 и 5), кроме того, в торжественном провозглашении теопасхизма (анафематизм 10) и, помимо этого, в запрещении (анафематизм 13, касающийся произведений Феодорита) выражать любое несогласие с творениями св. Кирилла, в частности с «Двенадцатью главами» против Нестория, которые не были официально приняты на Ефесском и Халкидонском Соборах. Оставалось только одно препятствие для триумфа кириллова богословия. Собор провозгласил, что выражение mia jusis («единая природа») можно и должно, под угрозой анафемы, понимать только в значении mia upostasis (анафематизм 8). Таким образом, св. Кирилл признается православным, но православие его следует понимать в свете халкидонского вероопределения, и, наоборот, Халкидон не должен рассматриваться как отречение от св. Кирилла. Конечно, для монофизитов это было камнем преткновения, хотя Собор и шел им навстречу, принимая выражение Юстиниана, согласно которому различие между природами во Христе является только созерцательным (en qewria, анафематизм 7). И в самом деле, разве Севир Антиохийский говорил не то же самое?
Непосредственное осуждение «Трех глав» было включено в три последних анафематизма. Персонально осужден был только Феодор Мопсуэстийский. Имена Ивы и Феодорита формально были защищены авторитетом Четвертого Вселенского Собора. Последнего попрежнему продолжали читать и цитировать наряду с другими великими учителями Греческой Церкви; что касается Ивы, текст, в котором о нем упоминается, набросил тень сомнения на подлинность его письма к Марию, и, таким образом, его личный авторитет не пострадал.
Тем не менее ясно, что значение богословских решений 553 года шире, чем проблемы, связанные с отдельными личностями. Пусть даже богословие Феодора действительно можно было истолковать в православном смысле (что, впрочем, сомнительно) — провозглашение св. Кирилла Александрийского абсолютным regula fidei в христологических вопросах, предпринятое Юстинианом и его Собором, явилось исключительно важным событием и для Востока, где оно определило дальнейшее развитие богословия, и для Запада, где оно было принято только после долгих колебаний.
Пятый Вселенский Собор разрешил далеко не все проблемы, связанные с тайной Воплощения, однако, реабилитировав учение Кирилла о единстве субъекта во Христе, он актуализировал огромное значение понятия ипостасного единства воплощенного Слова. Против Аполлинария Собор подтвердил, что человеческая природа, воипостазированная Словом, являлась плотью, одушевленной разумной душой (sarka emyucwmen yuch logikh kai noera, анафематизм 4), и, следовательно, человечество Христа было истинным человечеством, а Христос, как и утверждалось в Халкидоне, был совершенно единосущным нам по Своему человечеству, но ипостась Его человечества была Ипостасью Превечного Слова. Это решение Собора, являвшееся выражением новоалександрийского богословия, сделало невозможным отождествление ипостаси с понятием самосознания или ума. Как человек Христос обладал всем, что присуще человеку, но Он не был человеческой ипостасью. Рождение, искушения, страдания и смерть — все это было в Нем истинно человеческим. Но Его «Я», источник и субъект (агент) всех этих необходимых состояний свободно воспринятой человеческой природы, было Словом, являющимся также основанием и для communicatio idiomatum, и для окончательного обожения человеческого естества. Все это возможно только в том случае, если ипостась сохраняет свой «открытый характер», т. е. мыслится как источник и основание, а не как содержание конкретного существа, либо один из аспектов природного, божественного или человеческого, существования. Энергии и действия человеческой природы не перестали быть истинно человеческими вследствие того, что она была «воипостазирована в Слове».
Именно понятие ипостаси позволило византийскому богословию сохранить в своем понимании Воплощения положительное содержание антиохийской мысли и принципиальный смысл Томоса папы Льва, согласно которому каждое естество «действует так, как ему свойственно».
Однако византийскую христологию юстиниановой эпохи критикуют за то, что она «оставляет в тени реальность психологической жизни души Спасителя» и видоизменяет свойства человеческой природы как таковой. Поскольку это суждение распространяется и на последующую историю Восточного христианства, вопрос представляет немалое значение.