В первые годы существования РГГУ, тогда возглавлявшегося видным «прорабом перестройки» Ю. Н. Афанасьевым, его преподаватели и сотрудники были захвачены идеей создать центр «свободной науки» по образцу западных университетов, противостоящий «консервативным» МГУ и Академии наук. Потом жизнь сгладила это противостояние: почти все поняли, что делают общее дело, а советские традиции, как выяснилось, далеко не во всем плохие, оказались устойчивее, чем первоначально казалось. Например, преподавательский состав Института лингвистики (лингвистического факультета), созданного вышеупомянутым А. Н. Барулиным, формировался из выпускников Отделения структурной и прикладной лингвистики МГУ и оказался очень похож на это отделение (только с большим преподаванием восточных языков).
И Старостин в последнее десятилетие жизни активно сотрудничал с Академией наук. В 2000 г. после смерти В. М. Солнцева, к тому времени директора академического Института языкознания, возникла идея поставить на это место Сергея Анатольевича. Одно время он был увлечен этим предложением, но не получилось: коллектив предпочел «своего» В. А. Виноградова, уже много лет работавшего в институте. Но в последние годы жизни Старостин, помимо РГГУ, работал и в Институте языкознания, где ради него создали специальный центр языков Евразии, расформированный после его смерти. И в 1997 г. он стал членом-корреспондентом Академии наук (кстати, первым в академии выпускником Отделения структурной и прикладной лингвистики, хотя он принадлежал лишь к одиннадцатому его выпуску). Увы, академиком он стать не успел.
Впрочем, не знаю, каким он был бы директором Института языкознания: институт занимается не только компаративистикой, а Старостин всю свою творческую жизнь был поглощен своим Делом и мог не замечать тех, кому важно нечто совсем другое. Я уже отмечал сложности такого рода в Институте востоковедения, а как бы он поладил, например, с сектором (ныне центром) социолингвистики или с сектором психолингвистики? При всей широте его возможностей он не мог объять все. Я это почувствовал, редактируя его так, кажется, и не вышедший учебник истории японского языка. В нем должно было быть отражено и функционирование разных вариантов языка в японском обществе, а история языка в близкое нам время, особенно в XIX–XX вв., почти целиком сводится к исторической социолингвистике и стилистике. И, читая учебник, я видел, как это Сергею Анатольевичу было неинтересно в отличие от исторической фонетики и грамматики (ср. прямо противоположную ситуацию с Н. И. Конрадом). Мне даже пришлось кое-что дописывать. А директор должен уметь вникнуть в каждую проблему. Вообще мне кажется, что крупный ученый должен статусно возглавлять научный коллектив лишь тогда, когда он руководит общей для всех задачей (как это было у Старостина в РГГУ). Если же направлений много, то ученый сознательно или бессознательно будет «тянуть одеяло на себя». Тогда уж лучше крупный администратор вроде Б. Г. Гафурова, см. очерк о нем.
И вообще Старостин в своей деятельности отказывался от многого, считая это лишним; недаром ему быстро надоели поездки в поисках айнов. Например, в годы перестройки, когда появилась возможность посылать его за границу, мы с И. Ф. Вардулем попытались устроить ему поездку в Японию. Получить приглашение от японских ученых, уже знавших его по публикациям, было нетрудно, но решительно отказался сам Сергей Анатольевич. Ему это было неинтересно: материал для японских реконструкций не требует сбора на месте, а японская компаративистика, честно говоря, очень слабая. И он, часто бывая с конца 80-х гг. за границей, строго выбирал, с кем ему перспективно иметь контакты. А вот на то, что ему было нужно, он не жалел времени, но и умел его зря не тратить. В. В. Иванов вспоминает, как Старостин говорил ему, что на изучение каждого нового для себя диалекта он отмеряет только три дня. Конечно, так мог поступать только тот редкий человек, который мог быть одновременно лингвистом и полиглотом.
Возглавив научный коллектив, Старостин уже мог планировать большой объем работы по сравнению гигантского числа языков мира, в идеале (которого Старостин не успел достичь) всех языков. Бедой многих ученых, в том числе компаративистов, бывает необходимость самим взваливать на себя огромный и часто неподъемный объем работы, в том числе рутинной. Старостин очень много делал сам, но нужна была помощь коллег, обычно занимавшихся лишь какой-то семьей или группой языков, но знавших их досконально. Как он писал в статье 1998 г.