«О доказательстве языкового родства», «какие-либо теоретические препятствия на пути дальнейшего сравнения или реконструкции отсутствуют», однако имеются трудности, связанные с большим объемом информации, и нужна «готовность к кооперации со стороны специалистов по отдельным языковым семьям». С уже сложившимися специалистами старшего и среднего поколения кооперация получалась редко (удачное сотрудничество с И. М. Дьяконовым стало скорее исключением), но Старостин умел харизмой привлекать своих сверстников и молодежь. И он один мог держать в голове всю гигантскую работу в целом. В той же статье 1998 г. он писал: «Для оценки родства внутри макросемей типа ностратической большинству специалистов просто не хватает знаний по отдельным семьям». А кому, кроме него, таких знаний по-настоящему хватало?
90-е годы расширили возможности ученого и в другом отношении. По его собственным воспоминаниям, Старостин впервые сел за персональный компьютер в 1986 г., а к 1988 г. он уже самостоятельно разработал компьютерную систему StarLing (первоначально STAR). Над ее совершенствованием он при участии нескольких своих коллег – лингвистов и программистов работал до конца жизни. Для каждого изучаемого языка были сформированы обширные базы данных. Как пишет его старший сын Г. С. Старостин, после Сергея Анатольевича осталось немного не опубликованных в электронном или бумажном виде работ: все им сделанное немедленно заносилось в базы данных.
Конечно, это было связано с особым стилем работы ученого. Как вспоминает тот же Г. С. Старостин, он однажды пожаловался отцу на то, что ему трудно бывает написать теоретическое вступление к статье. Тот ответил: «А у меня вот все всегда просто – сначала «предлагается следующая система соответствий», а потом «ниже приводится материал». И все. Разумеется, ученый немного утрировал ситуацию, и теоретические вступления бывают необходимы. Но, например, в книге «Алтайская проблема и происхождение японского языка», по моим подсчетам, тексты, не сводящиеся к системе соответствий и материалу, занимают (не считая примечаний и библиографии) примерно 26 страниц из 300, меньше 10 %. Конечно, именно такие тексты, за вычетом кратких объяснений и пояснений, легко внести в базу данных. Безусловно, Старостин имел четко разработанные теоретические взгляды, без которых он не мог бы целенаправленно изучать материал, но не любил тратить много времени на их изложение. Он понимал, что теории устаревают, а правильно зафиксированные факты останутся. И надо было успеть охватить как можно больше данных. Впрочем, у него, особенно в последние годы жизни, были и статьи, где он сжато, концентрированно, без лишних слов выражал свое теоретическое кредо. Особенно надо отметить уже упомянутую статью «О доказательстве языкового родства» и статью «Сравнительное языкознание и этимологические базы данных», полностью опубликованную лишь посмертно. Их идеи подробно и с большим количеством примеров из самых разных языков изложены в учебнике «Сравнительно-историческое языкознание», написанным им совместно с его ученицей С. А. Бурлак (два издания, последнее в 2005 г.).
Из работ 1990–2000-х гг., непосредственно выполненных Старостиным (одним или с сотрудниками), помимо многочисленных баз данных и разработки Starling, надо называть уже упоминавшийся северно-кавказский этимологический словарь (1994, совместно с С. Л. Николаевым), фундаментальный алтайский этимологический словарь совместно с А. В. Дыбо и О. М. Мудраком (2003) и законченный незадолго до смерти труд «Сино-кавказская фонология», который он не успел издать.
К концу 90-х годов Сергей Анатольевич стал общепризнанным в стране главой научной школы. Избрание в академию было знаком признания. Не все у нас признавали ностратику и тем более синокавказские идеи, но у нас (в отличие от заграницы) публично отвергали их редко (одно из исключений – кавказовед Г. А. Климов). Лингвистический истеблишмент, задающий у нас сейчас тон, был, по крайней мере, при жизни Старостина, благожелателен к его направлению в науке. Приходилось лишь жалеть, что его выдающиеся результаты не получили известности за пределами лингвистического, в основном столичного сообщества. Лишь изредка он мог выйти «на публику». Еще в 90-е годы в «Комсомольской правде» появилось интервью с ним не особо серьезной журналистки, именовавшей себя Светой Кузиной. И однажды помогла его старая знакомая Т. Н. Толстая, сумевшая занять место на телевидении. В своей «Школе злословия» она как-то разговаривала с Сергеем Анатольевичем. Беседа была серьезной, но, как весь цикл передач, шла поздно ночью. Еще как-то он появился у А. Гордона, и, кажется, все. Известность Старостина никогда не шла в сравнение, скажем, с известностью А. Т. Фоменко. Миру его открытия остались и остаются неизвестны, хотя они могли бы быть интересны и полезны и для той аудитории, что читает Фоменко.