Первыми жертвами стали сдавшиеся немецкой комиссии № 4 белогвардейцы, преимущественно состоявшие в штабе повстанцев. Поначалу их планировали направить в Москву. Об этом говорит телеграмма начальника «красного» штаба Афонского, которую он направил в Кострому. В ней сообщалось: «Мятеж в Ярославле ликвидирован. Советская власть восстанавливает свой аппарат по управлению городом. Штаб белых отправлен в Москву». Приблизительно то же самое можно прочитать и в воспоминаниях комиссара финансов Петровичева: «Стали прибывать из города пленные белогвардейцы. В числе последних был и белогвардейский штаб последнего состава. Их привели рано утром 22 числа. Ночь была дождливая, и было еще темно. Всматриваясь в их лица, мне показались почти все людьми незнакомыми, но, правда, было очень темно и некоторые сами старались скрыть свои лица, так что мной могли быть и не замечены, к тому же и давно прибывших людей я мог не заметить в городе, постоянно занятый делами и имея очень ограниченный район». Однако в Москву они не уехали. Мятежников вывели из здания Волковского театра, где они некоторое время находились под «патронажем» немцев, после чего расстреляли. В Москву из Ярославля летит телеграмма: «Оперод Аралову Пречистенка 37 копия Москва Наркомвоен Троцкому Лесной 2 Москва Военком Округа Муралову Пречистенка 7. Сведения 21 час. В Ярославле все спокойно, расстреляно 41 чел., штаб белогвардейцев, а среди них Гудим и Левкович, в наших руках». По чьей инициативе и по чьему приказу был проведен расстрел, до сих пор непонятно. В любом случае Гузарский возмущенно рапортовал в Москву: «Я удивлен телеграммами от имени Троцкого, которые приписываю интригам всех приезжих гастролеров, которые ни в чем не помогают, но зато подкапываются под меня. Ныне, считая возложенную на меня задачу выполненной, передаю военную власть Окружному Комиссару, гражданскую – Исполнительному Комитету и возвращаюсь в Москву для доклада и разъяснения кому следует, что я отлично знаю свои обязанности».