Однако начавшееся 18 февраля вторжение на Украину австро-германских войск, призванных правительством Центральной Рады, вынудили советские войска отступить с левобережья Днестра. Румыны, готовые ещен 8 марта подписать договор об отводе своих войск из Бессарабии в течение двух месяцев, уже 9 марта возобновили наст упление и заняли Аккерман и Шабо.
В марте отряд Котовского, который находился в Дубоссарах, был отрезан от других отступающих частей, но ему удалось с боем прорваться через Раздельную на Березовку и присоединиться к Тираспольскому отряду. В Вознесенске этот отряд был переформирован. Котовский возглавил конницу отряда (главным образом, из бывших 5-го и 6-го Заамурских полков) и бронеотряд и двинулся походным порядком на Кривой Рог – Екатеринослав. Действовавший теперь отдельно от отряда Котовского пеший отряд под командованием И. П. Годунова был разбит в арьергардных боях в районе станций Корсиавка – Пятихатка, а сам Годунов погиб. Также и конный отряд Котовского почти полностью рассеялся на пути к Екатеринославу, и здесь Котовский стал работать в штабе Тираспольского отряда. По некоторым данным, в Елизаветграде под началом Котовского осталось всего 25–30 человек. В апреле на пути к Луганску Котовский заболел «испанкой» и получил отпуск для лечения. Это его спасло. Основные силы Тираспольского отряда, переименованного во 2-ю революционную (или социалистическую) армию Южного фронта, отступили в Донскую область, где были частично уничтожены восставшими казаками, а захваченные в плен переданы немцам (это хорошо описано в романе Михаила Шолохова «Тихий Дон»). Погибли командующий Тираспольским отрядом, бывший штабс-капитан царской армии Е. М. Венедиктов, его адъютант И. Я. Авасапов и председатель ревтрибунала М. Л. Меерсон.
В послужном списке, который Котовский в 1920 году продиктовал начальнику штаба своей бригады Константину Фомичу Юцевичу, утверждалось: «Был захвачен в плен конным отрядом Дроздова в Мариуполе во время отступления Тираспольского отряда на Дон. 1918, апреля, 6 числа». Однако этот факт опровергается документом – выданным 7 апреля 1918 года удостоверением № 1250, где говорилось: «Предъявителю сего – члену штаба (Тираспольского) отряда т. Григорию Котовскому разрешается 10-дневный отпуск для лечения, что подписью и печатью удостоверяется Начальник штаба Старший адъютант». Получается, что на следующий день после 6 апреля Котовский все еще пребывал в своем отряде и ни в какой плен к полковнику М. Г. Дроздовскому (очевидно, он имеется в виду под фамилией Дроздов) не попадал. Тут не помогает даже оговорка, что Котовский мог датировать свое пленение по старому стилю, тогда по новому стилю это – 19 апреля. Но отряд М. Г. Дроздовского, направлявшийся с Румынского фронта на Дон, прибыл в Мариуполь только 27 апреля 1918 года. Очевидно, Григорию Ивановичу просто захотелось присочинить для своей биографии еще один подвиг – побег из белого плена, как потом в автобиографии он описал в героическом духе свой побег с сибирской каторги, безжалостно убив (к счастью, только на бумаге) двух стражников. В тот момент он заболел тифом, но после окончания отпуска в свой отряд не вернулся, а подался в Одессу. Чтобы как-то оправдать свое дезертирство, Котовский и придумал историю о том, как он оказался в плену у белых. Дескать, пробираться в тот момент к фронту, сквозь боевые порядки белых, было бы самоубийством.
Вот как события конца 1917–начала 1918 годов описывались в феврале 1924 года в письме Котовского и других деятелей революционного движения с просьбой о создании Молдавской республики: «После февральской революции в 1917 году, когда старое буржуазное государство переживало свои предсмертные судороги, в Заднестровской провинции, в Бессарабии, присоединенной к России в 1812 году, возникла мелкобуржуазная краевая организация, которая создала потом свое собственное правительство, т. н. «Сфатул Цэрий». Это правительство, под влиянием политической конъюнктуры того времени старалось добыть автономию этой молдавской области. В состав правительства вошли мелкобуржуазные, а также явно буржуазно-националистические и шовинистически настроенные элементы: Чугуряну, Ерхан, Инкулец и др. (правые эсеры).
Румынское правительство не играло последней роли в этих событиях, и потом, когда русская армия в Румынии окончательно разложилась, и русские солдаты начали стихийно возвращаться домой, правительство «Сфатул Цэрий» обратилось за помощью к Украинской Раде и Румынии.