1/14 января 1918 года в Кишинёве была установлена Советская власть. Однако продержалась она недолго. 13/26 января в Кишинёв вошли румынские войска. В отличие от русских, они не разложились, и русским частям Румынского фронта трудно было им противостоять. Русские солдаты в массе своей стремились по домам. Большинству же румынских солдат идти было некуда, так как почти вся территория Румынии, за исключением северной Молдовы, была оккупирована войсками Центральных держав. Обороняли Бессарабии в основном лишь те части, где было много уроженцев Бессарабии из нерумынского населения – украинцев, русских, евреев, болгар.
Котовский по поручению военной секции эвакуировавшегося из города Кишиневского Совета стал формировать добровольческий отряд, ставший частью большого Тираспольского отряда. Ему несколько раз приходилось усмирять еврейские погромы.
Бывший боец Тираспольского революционного отряда В. Л. Цетлин, в будущем – пулеметчик в бригаде Котовского, а впоследствии – генерал-майор, вспоминал, что отряд Котовского формировался в январе – феврале 1918 года первоначально как пеший отряд. Помогал Котовскому в его формировании большевик И. П. Годунов. Затем в отряд влился конный партизанский полк, сформированный комитетом 6-й армии в Маяках. После этого Котовский стал командиром смешанного конно-пешего разведывательного отряда. Всего в отряде было 127 конников и 160 пехотинцев. Утверждение же, будто бы Котовский прибыл в Тирасполь из Бессарабии во главе конного отряда, сформированного еще в Кишиневе, не соответствуют действительности. Григорий Иванович впервые возглавил та кое большое количество людей. Во времена уголовной юности под его началом никогда не оказывалось более двух десятков бандитов. Тем не менее, этот опыт учли, когда поручили Котовскому командовать отрядом разведчиков.
25 января 1918 года Котовский принял участие в боях в Одессе, когда большевики свергали власть Центральной Рады. Как участник боев за установление Советской власти в Одессе, Котовский был награжден значком Одесской Красной Гвардии за № 1443. После одесских боев Котовскому был вручен следующий мандат: «Котовскому Григорию Ивановичу, как испытанному и боевому товарищу, поручается организация боевых частей для освобождения Бессарабии от гнета мирового империализма».
Первой крупной боевой операцией, в которой участвовал отряд Котовского, стала атака на местечко Кицканы на правом берегу Днестра. 16 февраля отряд Котовского предпринял набег на румынские батареи, обстреливающие Тирасполь из села Кицканы. «По полученным в Одессе сведениям, – сообщила 20 февраля газета «Одесская почта», – партизанский отряд, организованный Григорием Котовским, сильно тревожит румын. Котовский, пользуясь своим прекрасным знакомством с топографией Бессарабии, где он родился и жил, часто заходит к румынам в тыл, совершает на них время от времени набеги и всегда с той стороны, откуда его меньше всего ожидают».
Трудно сказать, что в этой статье правда, а что придумано самим Котовским. Дело в том, что 17 февраля между Румчеродом и румынскими властями начались переговоры, и боевые действия были временно прекращены.
Как раз 17 февраля Котовскому поручили передать румынам ультиматум на Бендерском железнодорожном мосту. Румчерод требовал очистить Бессарабию от румынских войск, вернуть захваченное военное имущество и выдать генерала Щербачева и других русских офицеров. Естественно, ультиматум был отвергнут, а переговоры затягивались. В конце февраля, когда румынские войска заняли переправу у Дубоссар, туда была переброшена пешая часть отряда Котовского под командованием И. П. Годунова, который остановил румынское наступление.
В конце февраля румынские войска в районе Рыбницы потерпели поражение от 1-й революционной армии, которой командовал М. А. Муравьев, бывший подполковник царской армии и левый эсер. 18 февраля Муравьев, подчинивший своему 3-тысячному отряду 5-тысячную Одесскую особую армию Румчерода. В тот же день он телеграфировал Ленину: ««Положение чрезвычайно серьезное. Войска бывшего фронта дезорганизованы, в действительности фронта нет, остались только штабы, место нахождения которых не выяснено. Надежда только на подкрепления извне. Одесский пролетариат дезорганизован и политически неграмотный. Не обращая внимания на то, что враг приближается к Одессе, они не думают волноваться. Отношение к делу очень холодное – специфически одесское». 20 февраля Муравьев начал наступление против румынских войск, захвативших несколько плацдармов на левобережье Днестра. В районе Бендер у румын были захвачены 3 орудия. Ко 2 марту румынские войска потерпели поражение в районе Рыбница – Слободзеи и оставили попытки удержать плацдармы на Левобережье, потеряв в общей сложности до 15 орудий и до 500 пленными. Муравьев предлагал продолжить наступление за Днестр в направлении Кишинева и Ясс, а на юге – к Измаилу.