Зюганов был готов заключить соглашение с социалистическими партиями и профсоюзами, чтобы идти на выборы по их спискам или по территориальным округам при поддержке профсоюзов. По мнению Зюганова, в стране установилась система военно-политической диктатуры. «На фоне расстрела Белого дома Виктор Анпилов выглядит сущим демократом». Руководство партии провело оперативный опрос руководителей региональных организаций с целью выяснения положения партии и перспектив ее развития. Выяснилось, что никакого оттока кадров из парторганизаций не произошло. Большинство организаций выступило за то, чтобы использовать все средства, легальные возможности для политической деятельности и доведения своей позиции до общественности. Зюганов сообщил, что сомневается в окончательном запрете партии и убежден, что она в конечном счете сможет легально принять участие в выборах. Но коммунисты готовы к любой ситуации — им не привыкать.
20 октября по окончании чрезвычайного положения в Москве Зюганов официально сообщил, что КПРФ получила санкцию на участие в избирательной кампании от министра юстиции Юрия Калмыкова и председателя избиркома Николая Рябова. Они указали, что это решение было принято потому, что партия выступала против политического экстремизма и за досрочные выборы как мирный выход из сложившегося кризиса. Линия Зюганова полностью оправдалась. Хотя разрешение на участие в кампании было получено за 17 дней до окончания срока приема подписей в поддержку избирательных списков, партия оказалось способной решить все технические проблемы.
26 октября на пленуме ЦИК КПРФ Зюганов указал, что партия обязана идти на выборы, для того чтобы быть вместе с обманутым народом и чтобы поддержать людей, способных возродить возродить обманутую Россию. Партия обладает достаточными средствами и кадровыми возможностями для проведения избирательной кампании, и уже десять коммунистов выдвинуты кандидатами по территориальным округам. Союзниками партии были названы Аграрная партия и Российский общенародный союз. Участники пленума приняли специальное «Обращение к коммунистам, трудящимся и всем патриотам России», в котором ситуация в стране оценивалась как возникшая после государственного переворота, совершенного группировкой Бориса Ельцина.
На вопросы коммунистов и многочисленных журналистов на пресс-конференциях — почему зюгановцы принимают участие в выборах и тем самым способствуют легальному утверждению режима Ельцина, Зюганов отвечал спокойно и уверенно. По его мнению, можно следовать «первому и естественному побуждению всякого уважающего закон гражданина бойкотировать этот избирательный фарс», однако коммунисты не намерены этого делать, ибо это в конечном счете лишь сыграет на руку организаторам выборов. Они рассчитывают получить послушный парламент и довести свой социальный поворот до конца без помех. Коммунисты призывают всех обманутых и разочарованных явиться на выборы, так как самым невыгодным для оппозиции было бы в сложившейся ситуации не пассивное участие, а фактически отказ от политической борьбы. Федеральное Собрание, конечно, на данный момент нелегитимно как по своему происхождению, так и процедуре избрания, но оно вправе привлечь организаторов переворота к уголовной ответственности. Зюганов надеялся получить в этой Госдуме от 22 до 28 мест и инициировать данное разбирательство.
Однако это решение не было сразу воспринято всеми партийными организациями, особенно в Москве. Пленум Московского горкома КПРФ осудил решение Зюганова и заявил, что считает эти выборы незаконными. Коммунисты Москвы выступили за бойкот выборов, чтобы не признавать легитимность четвертооктябрьского режима, участники пленума даже потребовали отставки Зюганова, обвинив его в проельцинской линии и продолжении соглашательской линии Горбачева. Дело дошло даже до выдвижения на пост председателя Президиума ЦК кандидатов — бывшего депутата Ивана Шашививашвили и председателя Союза офицеров Станислава Терехова. Лидеры других запрещенных оппозиционных партий прямо обвинили Зюганова в социал-демократизме и соглашательстве.
29 октября Президиум ЦИК КПРФ представил в Избирком список, который возглавили Геннадий Зюганов, космонавт Виталий Севостьянов, прокурор Виктор Илюхин. В списке первоначально третьим был выдающийся ученый, академик РАН Валентин Коптюг, но он заявил, что не сможет, живя в Сибири, заниматься исключительно политической деятельностью. В первую десятку списка вошли редактор газеты «Советская Россия» Валентин Чикин, редактор «Правды» Геннадий Селезнев, бывший председатель Верховного Совета СССР Анатолий Лукьянов и др. Всего в списке было 182 человека.