Зюганов ведет работу по сбору информации о состоянии дел в стране, складывающейся ситуации в кризисных районах СССР. Сам Зюганов о ней говорит так: «С одной стороны, я проехал всю страну насквозь от западной границы до Сахалина, от Ленинграда до Средней Азии. Наверное, за последние 10 лет не было ни одного социального пожара, где бы ни пришлось разбираться, так как я был одним из немногих, кто занимался абсолютно секретной «особой папкой», содержащей характеристику комплекса мер на случай чрезвычайного положения и войны. Принимал участие как в крупных массово-политических мероприятиях, гак и мероприятиях военно-стратегического характера». Зюганову приходилось готовить вместе со своими товарищами материалы по взрывоопасным ситуациям в Прибалтике, по Кавказу, Средней Азии, но все они, с горечью пишет Зюганов, «были положены руководством под сукно», хотя в них зачастую давались правильные прогнозы, что произойдет, например, в Таджикистане в случае разрушения государственно-политических структур. Зюганов писал предупредительные аналитические записки по поводу событий в Литве, которые угрожали конституционному строю. Он выражал серьезное беспокойство по поводу разрушения армии. Он лично побывал в ракетных войсках стратегического назначения и обратил внимание на то, что в главном виде войск была 75 %-я укомплектованность личного состава. Зюганов написал целый ряд тревожных служебных записок по поводу событий на Кавказе. Он обращал внимание руководства на то, что реформированные Советы явно не справятся со сложными задачами перестройки в условиях нарастания анархии. Зюганов убеждается в том, что на практике происходит отстранение в целом партии от выработки нового скорректированного политического курса. Аппарат ЦК, ведомый Горбачевым и Яковлевым, занимался лишь узакониванием тех мер, которые спускались сверху этими новоявленными вождями, претендовавшими на единоличное знание того, как надо проводить реформы.
Работа в аппарате ЦК КПСС была для Зюганова началом его политической карьеры всероссийского масштаба. Зюганов занимал не самые большие должности, в январе 1989 г. он становится ответорганизатором идеологического отдела, в декабре этого же года становится заведующим группой ответорганизаторов и заместителем заведующего укрупненного идеологического отдела, который возглавлял новый ставленник Горбачева, А. Н. Яковлев. Это был уже относительно заметный пост, позволявший влиять на решение каких-то вопросов, но долго на нем Зюганов не задержался в силу краха правящей партии и ее руководства.
Встречавшийся с ним в это время писатель А. Проханов так описывает его: «Я поразился тому, как не похож Зюганов на традиционного партийца. В его облике не было властности, бессознательно усвоенной самозначительности, жреческого всеведения, которое проявлялось даже у самых деликатных и интеллигентных людей, если политический эскалатор возносил их на высшие роли в партии… В нем было радушие, некая простоватость, ожидание услышать нечто для себя важное и полезное, поучиться хотя бы мимолетно, используя встречу с неизвестным человеком. В нем был интерес и в силу этого — эмоциональная зависимость от собеседника. Он давал человеку простор, а сам словно отступал. И самое первое от него впечатление — это присутствие пытливого интереса, направленного на узнавание. В дальнейшем это первое впечатление от Зюганова, усложняясь, подтверждалось в главном. Он собиратель, ищущий и неутомимый. Не коллекционер, не энциклопедист, не скопидом, а, пожалуй, пчеловод, огородник, садовник, имеющий дело с живой природой, прилагающий усилия к тому, чтобы жизнь приумножалась, не разорилась, усовершенствовалась сама в себе. Это народный, пожалуй, деревенский тип человека, проводящий век с природой, а не с вещью. И это природное качество спасло и будет спасать Зюганова в периоды, когда цивилизация вещей и предметов взрывается, ломая колоссальные суммы механических представлений и ценностей».