Зюганов неоднократно предупреждал власть, что партия не допустит перезахоронения, правда, не говорил, что для этого будет сделано. Что касается захоронения Николая II и его семьи, позиция Зюганова была более сложной и неоднозначной. Он понимал, что большевизм был бесспорно виноват в расправе над царской семьей, слугами и доктором. Если казнь самодержца можно признать в чем-то неизбежной и справедливой, учитывая Ходынку, Кровавое воскресенье 1905 г., Ленский расстрел 1912 г., распутинщину, военные поражения в русско-японской и русско-германской войнах, то этого нельзя сказать о детях царя. Они пострадали только за то, что принадлежали к царской династии Романовых и могли, по мнению большевиков, ее возродить в определенных условиях, стать знаменем контрреволюционеров и стимулом для продолжения гражданской войны. КПРФ, являвшаяся наследницей КПСС — ВКП(б) — РКП(б), была в непростом положении, однако Зюганов, думается, нашел правильный подход. Во всяком случае, его оценки не вызвали особенных претензий даже со стороны либеральной прессы.
Личная точка зрения Зюганова заключалась в том, что этот вопрос надо отдать церкви и Богу. Родители Николая похоронены в Петропавловской крепости в Санкт-Петербурге. «Я считаю, что там и надо похоронить останки Николая II и его семьи». Что касается самой подготовки к захоронению, то его Зюганов охарактеризовал как «постыдное шоу». По поводу идентификации останков он высказал такое мнение: «Я читал книгу Соколова, следователя Колчака, который тогда по горячим следам подготовил удивительные по своей доказательности и точности аргументации правовые материалы и документы. Я поражен, что группа Немцова, его комиссия не учла ни одного из доводов Соколова. Собирались высшие иерархи Православной церкви, которые рассматривали этот вопрос. У них есть сомнения, что это подлинные останки царской семьи, поэтому возникает очень сложная и ответственная нравственная коллизия. Если вдруг через год выяснится, что эти останки не настоящие, а русская зарубежная церковь не признает выводы комиссии Немцова, то значит поклонение, которое начнется после захоронений, будет ложным. А это значит еще один раскол внутри страны, внутри Православной церкви, очередное тяжелое потрясение. Нам их и так хватает». Зюганов даже предположил, что кто-то специально рассчитывает поставить в ложное положение Русскую Православную Церковь, которая считается на Западе после поражения коммунизма главным врагом Запада.
Зюганов продолжает резкую критику экономической политики правительства.
Одним из первых мероприятий правительства была деноминация национальной валюты — рубля. Скашивание трех нулей, конечно, облегчало пользование рублем и позволяло решить целый ряд актуальных проблем, однако Зюганов и фракция КПРФ требовали, чтобы данная реформа была йспользована для исправления последствий скрытой денежной реформы 1992 г, проведенной через шоковую терапию Гайдара. Эта реформа обесценила все трудовые сбережения населения, ликвидировала фонды предприятий, ввергла страну в хаос безработицы и разрушения производства. Деноминация в предложенном Правительством виде консервирует кризисное состояние финансовой системы и поэтому вызвала протест коммунистов. Зюганов продолжал настаивать на проведении индексации вкладов населения в Сбербанке до 1992 г Кроме того, он подчеркивал важность конкретных мер Правительства по ограничению вывоза российского капитала за рубеж, восстановлению инвестиционных фондов отечественных предприятий, введению политики протекционизма по отношению к ним.
Зюганов продолжает настаивать на проведении отчета Правительства в Государственной Думе согласно октябрьским договоренностям. Правительство должно было отчитаться о выполнении бюджета и всех своих обязательств. Однако вместо отчета перед Госдумой был организован отчет перед Президентом, который вылился в смешное представление, в ходе которого Президент посидел полтора часа и уехал, предварительно сняв трех незначительных министров. Немцов, Уринсон и Чубайс удержались тогда на своих постах и продолжали свою либеральную политику в экономике, планомерно разрушая государственный сектор.
Весной 1998 г. экономическая ситуация продолжала ухудшаться. Правительство Черномырдина, Чубайса и Немцова продолжало вести страну медленно, но уверенно к очередному кризису. Фракция КПРФ приняла решение прекратить поддерживать Черномырдина, так как выяснилось, что он не собирается активно противодействовать планам шберал реформаторов радикально преобразовывать экономику страны в русле рекомендаций МВФ, в котором США играют решающую роль как главный поставщик финансовых ресурсов.
В марте Госдума большинством в 242 голоса приняла скандально-риторическое решение о привлечении к уголовной ответственности Правительства за невыполнение законов, принятых Думой, прежде всего бюджета. Кроме того,