В марте 1916 г., во время боев Нарочской операции, Николай II, полностью доверяя своему начальнику штаба, согласовал с ним свой отъезд из Ставки в Царское Село для долгожданной встречи с семьей: «Подумай, Алексеев сказал мне, что я могу съездить на неделю домой!… Я очень радуюсь этому неожиданному счастью». Александра Федоровна отвечала: «Ты можешь сказать Алексееву, вместе с приветом от меня, что я думаю о нем с благодарным сердцем».
Месяц спустя, накануне праздника Пасхи, Императрица напоминала супругу: «Произведешь ли ты к Пасхе Алексеева в генерал-адъютанты?… А если ты причастишься теперь вместе с Алексеевым и твоими приближенными, это принесет им и твоему делу особое благословение». А в ответных письмах Николай II писал о предстоящем Светлом Празднике в Ставке: «Разумеется, я хожу в церковь утром и вечером. Отец Шавельский так хорошо служит, ровно час. Алексеев и много других из штаба причащаются в четверг (Великий Четверток. —
Наконец, после описанного выше приезда Царской семьи в Ставку и состоявшейся беседы Императрицы с Алексеевым в ее письмах, написанных после возвращения в Царское Село (3 августа и 6 августа 1916 г.), отнюдь не звучит неприязнь к Алексееву. Напротив, скорее можно говорить о сожалении Александры Федоровны в том, что генерал не понимает, какую пользу стране и армии и ему лично может принести молитвенная помощь «царского друга», как «досадно, что масса людей пишет гнусные письма против Него (в переписке о Распутине писали с большой буквы. —
Единственным, хотя и довольно существенным в глазах Государыни Императрицы изъяном Алексеева было отсутствие «души» у генерала, что отмечалось ею в письмах, отправленных в Ставку уже во время болезни Михаила Васильевича в ноябре 1916 г.
Чрезвычайные подозрительность и скрытность в работе начальника штаба, безусловно оправданные в условиях войны, вызывали у многих сотрудников Ставки (особенно у приближенных ко двору) скептическое отношение к нему, сомнение даже в его искренности и преданности Государю. Это обстоятельство, вероятно, сыграло определенную роль в появлении слухов о неких, якобы «заговорщицких», планах генерала, о его «тайных связях» с «врагами Престола». Даже такие «мелочи», как отсутствие Алексеева на «завтраках» в присутствии Императрицы, вполне объяснимое крайней занятостью начальника штаба, или отказ в предоставлении паровозов и вагонов для Поездов Великих князей, находившихся в Ставке, оценивались как его «демонстративное нерасположение» к Царскому дому. И это при том, что ежедневные «утренние доклады занимали много времени у Михаила Васильевича, в те же дни, когда Алексеев еще, кроме того, и завтракал у Государя, у него непроизводительно пропадало все самое ценное время с утра до 2-х — 3-х часов дня». Алексеев — единственный из Ставки — принципиально сам платил за себя всю стоимость «завтраков», не принимая расходов на казенный счет.