Мнение Бубнова о Борисове и Пустовойтенко представляется все же несколько преувеличенным. Для Алексеева было типичным стремление сохранить вокруг себя привычное окружение, и его «команда» в Ставке, несмотря на свою малочисленность, несомненно подходила ему психологически, а отнюдь не «политически» (тем более что политическими вопросами Алексеев в то время специально еще не занимался). Сослуживец-однополчанин Борисов, который занимался также сбором информации для подготовки в будущем издания «Истории войны», безупречные исполнители подготовленных Наштаверхом проектов — Пустовойтенко и Носков — вполне соответствовали его требованиям к штабным работникам. А Михаил Васильевич никогда не требовал от своих ближайших сотрудников большего, чем он рассчитывал от них получить.
Сделанный Бубновым вывод в отношении позиции Ставки, хотя и страдает определенной односторонностью, тем не менее не лишен интереса: «В большем или меньшем соответствии со взглядами генерала Алексеева и его окружения был сделан подбор новых офицеров Генерального штаба, заменивших собой получивших другие назначения офицеров бывшего Штаба великого князя Николая Николаевича. Новый личный состав Ставки, в котором потонули малочисленные остатки бывших сотрудников великого князя, наложил на нее иную печать, значительно отличавшуюся от того, можно сказать, возвышенно-рыцарского характера, который имел личный состав бывшей Ставки Великого князя; вследствие этого от новой Ставки трудно было бы ожидать проявления в критическую минуту возвышенных деяний и самопожертвования, что во время революции и обнаружилось».
Как вспоминал о. Георгий Шавельский, «дело и правда у него были на главном месте, и он всегда бесстрашно подходил к ним, не боясь разочарований, огорчений, неприятностей… Генерал Алексеев стремился узнать правду, какова бы она ни была. Когда я, по возвращении с фронта, являлся к нему для доклада, он часто обращался ко мне:
— Ну, о. Георгий, расскажите, что вы худого заметили на фронте? О хорошем и без вас донесут мне. Вот худое всегда скрывают. А мне надо прежде всего узнать худое, чтобы его исправить и предупредить худшее».
Но подобный пессимизм отнюдь не свидетельствовал о каких-то «пораженческих настроениях» или, как подчас утверждается в исторической публицистике, об «отсутствии патриотизма». Трезвый взгляд на ошибки и недостатки политико-экономической системы следовало ценить гораздо выше ничем не оправданного «оптимизма».
Сложно складывались отношения Ставки с Советом министров. По мнению Алексеева, от правительства, возглавляемого И.Л. Горемыкиным и, позднее, Б.В. Штюрмером, следовало требовать как можно больше для того, чтобы своевременно и в максимально возможном объеме удовлетворить все возраставшие военные запросы. Ситуация 1915 г., когда многие подразделения шли в бой с недостатком оружия и боеприпасов, не должна была повториться. Как отмечал министр торговли и промышленности князь В.Н. Шаховской, во время одного из совещаний генерал, который прежде «никакой политикой не занимался», в крайне резкой форме («так работать нельзя») обвинял правительственные структуры в невыполнении запланированных поставок снарядов летом 1916 г. Аналогичные претензии предъявлялись Алексеевым и в адрес Главного артиллерийского управления (ГАУ), возглавляемого генерал-лейтенантом А.А. Маниковским.
Самой Императрице приходилось советовать супругу успокоить Алексеева, переменить его отношение к правительству: «Для армии все будет сделано, и ни в чем не будет недостатка… Гучков старается обойти Алексеева, жалуется ему на всех министров (его подстрекает Поливанов) — на Штюрмера, Трепова, Шаховского, и отсюда понятно, почему Алексеев так настроен против министров, которые на самом деле стали лучше и более согласно работать, дела ведь стали налаживаться, и нам не придется опасаться никакого кризиса, если они и дальше так будут работать».