Отрицательно отнесся Алексеев и к возможному приезду в Ставку Г. Распутина, заявив о своей отставке в том случае, если «Царский друг» окажется в «святая святых» штабной работы. «Глас народа — глас Божий» отмечал генерал, полагавший, что допускать в Ставку «человека, о котором армия и народ единодушно самого отрицательного мнения», — нельзя. Попытку генерала завязать разговор о пагубности влияния Григория Ефимовича на «царский престиж» Николай II резко пресек, заявив, что «это мое личное, частное дело». Императрица, хорошо относившаяся к Алексееву, считала необходимым преодолеть отчуждение генерала от «Царского друга». С этой целью в августе 1916 г., во время празднования годовщины вступления Николая II в должность Верховного Главнокомандующего и приезда Царской семьи в Ставку, Александра Федоровна попыталась лично переубедить Алексеева в его отношении к Распутину. По воспоминаниям дочери генерала Веры Михайловны, Императрица настойчиво внушала Михаилу Васильевичу, что он «не нрав в своих отношениях к “старцу”, что он святой человек, преданный Царской семье, за которую ревностно молится, и если бы он смог посетить Ставку, то принес бы большое счастье. Алексеев ответил: “Я не имею права противиться воле Вашего Величества, но должен доложить, что день приезда Распутина в Ставку будет днем моей отставки…” Распутин в Ставку не приехал… Но после этого откровенного и категорического заявления отца Государыне, он нажил себе се нерасположение, а также стал нежелательным и неприемлемым как ближайший сотрудник Государя для лиц, строящих свое благополучие в окружении Распутина».
И все же было бы несправедливо и необъективно оценивать отношения Царской семьи к Алексееву исключительно через отношение последнего к Распутину. Михаил Васильевич, крайне обеспокоенный любым сторонним вмешательством в стратегические разработки операций, не мог и не имел нрава принимать «внушенные свыше» такие «советы старца», как, например, необходимость наступления на том или ином участке фронта. А в том, что подобного рода указания давались Распутиным (хотя и в частном порядке), в Ставке знали. Предполагая также, что приезд Григория Ефимовича в Могилев будет сопровождаться его неизбежным посещением всех помещений Ставки, в том числе квартирмейстерской части и комнаты для докладов Государю, Алексеев опасался, пусть даже и непроизвольной, «утечки» важной информации «постороннему» (для генерала) человеку и сопровождающим его лицам. Очевидно для того, чтобы избежать подобного рода неприятностей и при этом не давать повода для обвинений в нелояльности к Царской семье, Михаил Васильевич не видел для себя иного выхода, как уйти из Ставки, избежать ответственности за то, что в военно-оперативные вопросы могут вмешаться непрофессионалы.
Вывод же о том, что после отказа Алексеева принимать «царского друга» в Ставке генерал стал в глазах Императора и Императрицы «опасным либералом», — неверен. Хотя для «антираспутинских сил» подобный поступок генерала свидетельствовал едва ли не о его готовности к «радикальным переменам» во власти. Но лучше всего об отношении к Алексееву свидетельствует переписка Николая II и Александры Федоровны. Еще в конце августа 1915 г., в момент вступления Алексеева в должность Наштаверха, Императрица просила супруга передать генералу благословение иконой Святого Иоанна Воина «с моими наилучшими пожеланиями». Императрица считала, что «работа с Алексеевым» идет «приятно и быстро», в чем ее убедило ответное письмо Николая II: «Алексеев так хорошо их (доклады. —