Комиссию возглавил Батюшин, столь критично относившийся к работе Ставки. «В район этой Комиссии, — но оценке Батюшина, — входила не только территория Европейской России, но и оккупированная часть Персии». Благодаря ее работе вскрылись значительные злоупотребления при продаже сахара крупнейшими сахарозаводчиками-фабрикантами России. Было установлено, что сахар-рафинад «переправлялся нелегальным путем через границу, а затем караванами шел на Багдад для снабжения наших противников». А 26 октября 1916 г. в очередном номере «Правительственного вестника» было опубликовано сообщение об аресте «по распоряжению военных властей на театре военных действий — киевских сахарозаводчиков: Израиля Бабушкина, Авеля Гопнера и Абрама Доброго — за противодействие снабжению армии сахаром, умышленное сокращение выпуска сахара на внутренний рынок Империи и злонамеренный вывоз сахара за границу в ущерб снабжению воюющей армии и населения». Алексееву и Батюшину пришлось преодолевать активное противодействие работе Комиссии со стороны М. Цехановского — Председателя Правления Всероссийского общества сахарозаводчиков. По оценке историка Здановича, в прессе «началась травля и дискредитация Комиссии генерала Батюшина», и «только авторитет создателя Комиссии — Михаила Васильевича Алексеева, его всемерная поддержка, вплоть до докладов Царю как Верховному Главнокомандующему, спасали дело и расследования продолжались».
Примечательны характеристики, даваемые генералу Цехановским заинтересованным в срыве работ Комиссии из Ставки. Когда Алексеевым было направлено письмо на имя министра земледелия графа А.А. Бобринского, то Цехановский, ознакомившись с ним, с согласия министра заявил: «Трудно было себе представить более грубое, глупое и бестактное письмо… говорилось об алчности и жадности сахарозаводчиков, об эксплуатации ими русского народа… Алексеев требовал увольнения председателя Центросахара Орлова, назначенного Бобринским… Письмо было подписано генералом Алексеевым, при этом им лично были подчеркнуты пикантные слова письма: “алчность”, “жадность”, “эксплуатация” и другие… Никоим образом генерал Алексеев не мог вторгаться в сферу деятельности гражданского управления».
К сожалению, этим фактам борьбы Алексеева с реальными антироссийскими «темными силами» уделяется гораздо меньше внимания, чем пресловутым поискам связей генерала с мифическими «темными силами» масонов и легендарными творцами «дворцового переворота». Несмотря на то что накануне февральских событий 1917 года сахарозаводчики были оправданы решением Государя, удар по спекулятивным интересам тылового капитала был все-таки нанесен ощутимый.
Наконец, нельзя не отметить еще одну несомненную заслугу Михаила Васильевича перед отечественными спецслужбами. Став Главковерхом, Алексеев, опираясь на поддержку ГУГШ и, во многом, вопреки ставшему военным министром Л.И. Гучкову, распорядился о создании долгожданной Контрразведывательной части (КРЧ) при штабе Верховного Главнокомандующего. КРЧ начала свою работу 7 апреля 1917 г. И хотя ее штаты были крайне малы (4 человека), все же сам факт выделения контрразведки в отдельную структуру нельзя обойти вниманием. КРЧ активно занималась выявлением контактов немецкой и австрийской разведки с различными политическими деятелями в тылу, особое внимание уделяя членам РСДРП(б){31}.
Весьма беспокойными и подчас раздражительными представлялись Михаилу Васильевичу желания придворных, находившихся в Ставке, и многочисленных представителей «общественности» узнать детали готовившихся военных операций и стратегических планов. То, что в мирное время могло казаться «праздным любопытством», в условиях тяжелой войны представлялось преступным и легкомысленным желанием получить информацию о вещах, в которых могут и должны разбираться только военные соответствующего чина и должности. Так, Алексеев «решительно пресек» подобные намерения со стороны министра Императорского двора графа Фредерикса. Дворцовый комендант Воейков, которому Алексеев, по образному выражению самого коменданта, «едва не прищемил носа», также не допускался к обсуждению военных планов. Приезжавший в Ставку митрополит Иннокентий, несмотря на свой высокий «духовный сан», получил от Алексеева «вежливый отказ» при попытке «узнать о наших военных планах».