Максимальный груз бомб составил 2100 кг, в подфюзеляжной ванне размещалось только 12 бомб по 50 кг или две бомбы по 250 кг, на держателях под внешними гондолами можно было подвесить по одной бомбе 500 кг, а на двух держателях под крыльями — по одной бомбе в 250 кг. Бомбовое вооружение во время разведывательных полетов с полным запасом топлива обычно ограничивалось четырьмя бомбами по 250 кг.
Значительно усовершенствованно было и радиооборудование, которое теперь включало бортовую радиостанцию FuG X, дополнительную коротковолновую радиостанцию DLH-Lorenz-Kurzwellenstation, радиоприемник Peil GV, аппаратуру для посадки без видимости земли FuB1.1, а также оборудование опознавания «свой-чужой» FuG 25.
Было модифицировано и оборонительно вооружение. Каплевидное ограждение А-Stand за кабиной пилота было заменено вращающейся башенкой FW-19, вооруженной подвижным пулеметом MG 15 калибра 7,92 мм с боезапасом в 1125 патронов. После введения всех этих изменений общая масса самолета возросла до 20834 кг.
Самолеты FW-200C-3 производились в нескольких вариантах: C-3/U1 — машина, WNr.0052, бортовой код DE+OG, испытывалась с торпедным вооружением; C-3/U2 — вариант разведывательного самолета повышенной дальности, оснащенный дополнительными топливными баками в подфюзеляжной ванне и под крыльями, максимальный запас топлива составлял теперь 10350 л, что позволило добиться максимальной дальности 6400 км, который был построен в шести экземплярах (WNr.0043, SG+KS/F8+AB; WNr.0047, SG+KW; WNr.0048, SG+KX; WNr.0049, SG+KY/F8+GK; WNr.0050, SG+KZ/F8+AR; WNr.0051, DE+OF/F8+FH и WNr.0055, DE+OJ/F8+HK); C-3/U3 — WNr.0064, KF+QD/F8+HH, самолет, оснащенный радиолокационным оборудованием Atlas-Echolot; C-3/U4 — самолет, оснащенный пулеметами MG 131 калибра 13 мм в B-Stand в задней части гребня фюзеляжа с запасом в 1000 патронов, дополнительно был бронирован топливный бак в подфюзеляжной ванне, а также установлены замки для подвески торпед, построен 21 экземпляр; C-3/U5 — WNr.0095, КЕ+IT/F8+DH, с башенкой Drehlingslafette HD 151, оснащенной пушкой MG 151/15 калибра 15 мм с запасом снарядов в 1000 штук на месте А-Stand; C-3/U6 — с башенкой DL 131, оснащенной пулеметом MG 131 калибра 13 мм на месте А-Stand; C-3/U7 — WNr.0226, DP+ON, и WNr.0227, DP+OO, в первом из этих самолетов было смонтирована аппаратура FuG 203 Kehl III, служащая для наведения управляемых бомб Henschel Hs 293; C-3/U8 — пробный экземпляр для испытаний башенки DL 131, а также C-3/U9 — WNr.0099, КЕ+IX, вооруженный правительственный самолет.