Учитывая все усиливающиеся оборонительное вооружение союзнических транспортов, а также значительно меньшее число судов, идущих поодиночке, а не в составе конвоев, успехи, достигнутые Кондорами в периоде 1 марта по 31 мая 1941 года не были так значительны, как в январе и феврале 1941 года. Общее количество судов, потопленных в течение этих трех месяцев, составляло всего лишь 16 штук, а их суммарное водоизмещение — 90371 брутто тонн. Лавинообразно возросли и потери I./KG 40. Если в марте 1941 года при выполнении 55 боевых вылетов был потерян только один самолет (18 марта FW-200C-3, WNr.0041, пилот обер-лейтенант Ганс Винклер, разбился под Брестом), то в апреле при 74 боевых вылетах было потеряно четыре машины (WNr.0039, F8+AH, обер-лейтенант Рихтер 16 апреля к северу от побережья Шотландии; WNr.0051, F8+FH, обер-лейтенант Калюс, 17 апреля, также к северу от берегов Шотландии; WNr.0053, F8+GL, обер-лейтенант Эрнст Миллер, 18 апреля к западу от Ирландии и WNr.0054, F8+НН, обер-лейтенант Роланд Шеле, 29 апреля в районе острова Овечьего); кроме того, два Кондора были уничтожены в ходе налета бомбардировщиков RAF на Бордо-Мериньяк (WNr.0004 и WNr.0033). В мае 1941 года был потерян один самолет. 19 мая 1941 года кавалер Рыцарского креста обер-лейтенант Ганс Бухгольц атаковал транспорт «Umgeni» и был сбит зенитной артиллерией судна. Его самолет, FW-200C-3, WNr.0060, F8+DH, упал в море на расстоянии 400 км от залива Донегал. Спаслись три члена экипажа. В июне 1941 года I./KG 40 снова потеряла два самолета.
Во время атаки пяти FW-200 на конвой HS 65, находящийся на расстоянии 350 км к востоку от Португалии, было потоплено (или повреждено) семь транспортов. Противовоздушная оборона конвоя была уже довольно сильной и добилась успеха. Попадания получили три Кондора. Первому из них, FW-200C-3/U1 (WNr.0052, DE+OG), который пилотировал обер-ефрейтор Мейфнер, удалось долететь до Испании, где он совершил посадку на аэродроме Навио. Несколькими неделями позднее в результате дипломатических усилий самолет вместе с экипажем вернулся во Францию. Второй самолет, FW-200C-3 (WNr.0061, F8+KL), преодолел путь до Португалии, однако разбился при попытке совершить вынужденную посадку. Обер-лейтенант Эрих Вистерманн вместе пятью членами экипажа погиб в пылающих обломках. Третья машина, FW-200C-3 (WNr.0065, KF+QE), которую пилотировал обер-ефрейтор Игнац Видманн, получила только легкие повреждения и возвратилась в Бордо-Мериньяк. 30 июня 1941 года над Атлантикой был потерян FW-200C-3/U3 (WNr.064, F8+HH), оснащенный экспериментальным радиолокационным оборудованием Echolot фирмы Atlas. Погиб пилот обер-фельдфебель Герберт Орбах, а также остальные члены экипажа.
С июля 1941 года в связи с усилением противовоздушной обороны судов союзников центр тяжести действий Кондоров был перенесен на выполнение разведывательных полетов. Благодаря увеличившимся поставкам новых самолетов I./KG 40 была в состоянии одновременно высылать в небо над Атлантикой до восьми самолетов FW-200. Принимая во внимание площадь, которая охватывалась при этом разведывательными полетами, это было очень неплохо. Особенно по сравнению с двумя самолетами в день, высылаемыми над Атлантикой в первой половине 1941 года, можно сказать, что это был гигантский шаг вперед. Большое значение имел и перенос центра тяжести на действия против конвоев, идущих по трассе Гибралтар — Англия. Атмосферные условия в этом регионе Атлантики были несравненно лучше, чем над водами, омывающими Ирландию, возможные будущие цели Кондоров также находились значительно ближе к новой базе I./KG 40 в Бордо-Мериньяк. Дополнительным преимуществом, значительно увеличивающим шансы на обнаружение конвоя, было тесное взаимодействие с военной разведкой — Абвером, агенты которого сообщали о дате выхода из порта очередного конвоя.