16 января 1941 года, около 13 часов 00 минут, обер-лейтенант Йопе добился очередного успеха. Обнаружив и атаковав конвой OB 274, он потопил два судна: греческий пароход «Meandros» (4581 брутто тонн) и голландский танкер «Onoba» (6256 брутто тонн). В общем в январе 1941 года самолеты I./KG 40 потопили 15 судов общим водоизмещением 63175 брутто тонн и повредили три судна водоизмещением 11593 брутто тонн. Собственные потери ограничились двумя самолетами: 10 января 1941 года в 13 часов 50 минут на расстоянии около 200 миль к северо-западу от Ирландии огнем зенитного пулемета с океанского буксира «Seaman» был сбит FW-200C-3, WNr.0035, бортовой код F8+AB. Погибло три члена экипажа, а три остальных, в том числе и командир экипажа обер-лейтенант Бурмейстер, попали в плен. 29 января 1941 года из патрульного полета не вернулся лейтенант Альфред Винтер вместе со всем своим экипажем.
Три члена экипажа самолета FW-200C-3, WNr.0035, были первыми летчиками KG 40, которые попали в плен к британцам. Благодаря умелому применению методик прослушивания англичанам удалось выудить у них очень полезную информацию. К тому же в обломках сбитого самолета удалось найти и некоторые документы (например, летные книжки экипажа); в результате RAF получил бесценные данные, касающиеся действий этого подразделения неприятеля. Оказалось, что FW-200 уже не летают на базы в Норвегии вокруг Британских островов, а наилучшим средством от атакующего корабль Кондора является спаренная автоматическая пушка калибра 20 мм, размещенная на кормовой платформе.
Тем временем командующий Luftwaffe никак не мог согласиться с приказом Гитлера, отдающим KG 40 под командование Kriegsmarine. 7 февраля 1941 года Герман Геринг потребовал от Деница «возвращения своего подразделения», аргументируя это тем, что все, что летает должно подчиняться исключительно его приказам, а самолеты Luftwaffe не должны выполнять разведывательные полеты к западу от 25 градуса восточной долготы, так как это исключает принятие на борт бомбового вооружения, а его самолеты сконструированы именно как бомбардировщики и только для таких целей и могут использоваться.
Четырьмя днями позднее Геринг добился своей цели. По приказу Гитлера I./KG 40 было переподчинено 3-му Воздушному флоту, в рамках которого было образовано Fliegerführer Atlantik (авиационной командования Атлантики) со штабом в Лорие. Его командующим был назначен морской офицер подполковник Мартин Харлинхаузен.
22 февраля 1941 года впервые удалось стянуть целых пять подводных лодок для атаки конвоя OB 288, обнаруженного Кондором. Подводные лодки потопили девять судов общим водоизмещением 42282 брутто тонн. Всего в феврале 1941 года экипажи I./KG 40 потопили 22 судна общим водоизмещением 84515 брутто тонн и повредили 14 судов (70747 брутто тонн). Собственные потери, так же как в январе 1941 года, ограничились двумя самолетами. Первым из них был FW-200C-3, WNr.0042, пилот которого, обер-лейтенант Пауль Гоммерт, погиб вместе со всем своим экипажем. Два дня спустя после этой потери, во время посадке на аэродроме Бордо-Мериньяк погиб экипаж обер-лейтенанта Гейнца Крамера вместе с самолетом FW-200C-3, WNr.0029.