Управление особых отделов НКВД СССР возглавлял заместитель наркома внутренних дел Абакумов А. А. На всех фронтах были созданы особые отделы. Все они представляли органы военной контрразведки, и их структура и состав менялись в зависимости от задач фронта. Например, в ноябре 1942 года в органах военной контрразведки Ленинградского фронта служило 1224 оперативных работника, включая особый отдел фронта, особые отделы 23, 42, 55, 67 армий, Приморской оперативной группы, Ленинградской армии ПВО[267]. Военную контрразведку на Ленинградском фронте с начала войны возглавил комиссар Госбезопасности 3-его ранга П. Т. Куприн. В июне 1942 г. его сменил дивизионный комиссар А. С. Быстров. Особым отделом Карельского фронта руководил дивизионный комиссар П. А. Гладков, с 1942 г. — генерал-майор А. М. Сиднев, а Волховского фронта — дивизионный комиссар Д. И. Мельников. Органы военной разведки свою агентурно-оперативную работу строили с учетом особенностей каждого из фронтов, его роли и места в военно-стратегических планах Ставки Верховного Главнокомандующего.
Особые отделы систематически занимались изучением связей, настроений и поведения личного состава штабов, прежде всего разведывательных, оперативных и шифровальных отделов, узлов связи, складов с боевым имуществом.
Особые отделы свою оперативно-агентурную деятельность строили в тесном контакте с войсками охраны тыла действующей армии, а также с заградительными отрядами. Только в мае-октябре 1942 года заградительными службами соединений ЛФ было задержано 5444 военнослужащих. По рассмотрению особыми отделами всех дел за дезертирство было арестовано 304, расстреляно перед строем дезертиров по представлению особых отделов 56, передано материалов предварительного расследования в военную прокуратуру без оформления арестов на 59 дезертиров, возвращено в свои части 4396 военнослужащих[268]. За полгода в войсках фронта были выявлены 855 членовредителей. Из них расстреляли перед строем по постановлению особых отделов 56, арестовали с преданием суду военного трибунала 105, передали материалы предварительного расследования военной прокуратуре на 714 человек[269].
За период с мая по октябрь 1942 года через особые отделы Ленинградского фронта прошло 3275 арестованных и 5444 задержанных военнослужащих, т. е. тех, кто был подвергнут фильтрации, всего же 8719 человек[270].
Составной частью деятельности особых отделов являлась информационно-профилактическая работа о всех недочетах в боевой готовности частей и проведении боевых операций, методах работы разведки противника, по борьбе с изменой Родине, дезертирством, по недочетам в материальном обеспечении войск фронтов, в транспортировке, хранении грузов и т. д. Особые отделы своими спецдонесениями информировали командование и Военные советы фронтов, и по ним принимались оперативные меры в интересах безопасности фронта и тыла, в проведении решительных мер по усилению боевой готовности частей и соединений.
Безусловно, в обстановке политической подозрительности, которая в условиях войны была наиболее обострена, особые отделы в своей чекистской деятельности много внимания уделяли антисоветским, пораженческим настроениям. Так, особыми отделами Ленинградского фронта за период с мая по ноябрь 1942 года было изъято за изменнические намерения — 599, участников антисоветских групп — 56, за контрреволюционную пораженческую агитацию — 1710 человек или 72 % от всех задержанных и арестованных[271].
Однако основное направление их деятельности заключалось в пресечении подрывных акций врага в тылу армии. Сотрудники особых отделов постоянно информировали наряды войск охраны тыла об особенностях оперативной обстановки на данном участке фронта, о приемах и ухищрениях врага, пытающегося проникнуть в тыловые и штабные подразделения армии.
Задачи войскам НКВД по вопросам поддержания порядка и безопасности в осажденном городе исходили и от начальника гарнизона г. Ленинграда. 26 июня 1941 года Военный совет фронта возложил на начальника войск НКВД по охране тыла генерал-лейтенанта Г. А. Степанова обязанности начальника гарнизона. В своем приказе от 27 июня этого же года «Об обеспечении общественного порядка и государственной безопасности» он указывал: «… охрану революционного порядка в г. Ленинграде Военный совет фронта возложил на меня, одновременно подчинив мне войска НКО, расположенные на территории Ленинградского гарнизона, рабоче-крестьянскую милицию, истребительные батальоны войск НКВД…»[272]. В данном приказе строго регламентировалось время работы предприятий, всех зрелищно-культурных учреждений, определялся пропускной режим для автотранспорта. Другими приказами: «О порядке передвижения автомобильного и гужевого транспорта» от 27 июля 1941 г. и «О порядке проверки пропусков на легковом автотранспорте в ночное время» от 31 июля 1941 г. определялись конкретные требования к администрации предприятий, к водителям и пассажирам по соблюдению правил, установленных режимом военного времени.