Проблема внутренней безопасности самих Вооруженных Сил СССР, в том числе и войск НКВД, всегда выступала как важная задача сохранения боеспособности частей и соединений. С начала войны она приобрела повышенную значимость. Борьба с вражеской агентурой возлагалась на специальные органы военной контрразведки — особые отделы НКВД. Они были преобразованы из органов 3-го управления Наркомата Обороны и Наркомата Военно-Морского Флота. ГКО 17 июля 1941 года своим постановлением определил задачи особых отделов. «Главной задачей особых отделов на период войны, — указывалось в нем, — считать решительную борьбу со шпионажем и предательством в частях Красной Армии и ликвидацию дезертирства непосредственно в прифронтовой зоне»[264]. С этой целью особым отделам предоставлялось право ареста дезертиров, а в необходимых случаях и расстрела на месте. Пожалуй, это был первый акт Государственного Комитета Обороны, имевший прямое отношение к деятельности органов военной контрразведки. Третье управление НКО СССР передавалось в ведение НКВД СССР и преобразовывалось в Управление особых отделов НКВД СССР. Уполномоченный особого отдела в полку и особого отдела в дивизии, кроме подчинения своему прямому начальнику, одновременно подчинялся комиссару полка и комиссару дивизии. ГКО установил новый порядок подчиненности органов военной контрразведки. Органы военного управления, за исключением комиссара полка и дивизии, лишались права давать особым отделам соответствующие указания и контролировать их выполнение, как это было установлено для органов Третьего управления НКО и Третьего управления НК ВМФ по совместному постановлению ЦК ВКП(б) и СНК СССР от 8 февраля 1941 года.
В соответствии с данным постановлением НКВД СССР обязан был выделить в распоряжение особых отделов необходимые вооруженные отряды из своих войск, обязал начальников охраны тыла действующей армии установить прямую связь с особыми отделами и оказывать им всяческую поддержку.
18 июля 1941 года в войска была направлена директива НКВД СССР № 169 с конкретизацией задач, возложенных на особые отделы. В директиве говорилось: «Смысл преобразования органов Третьего управления в особые отделы с подчинением их НКВД заключается в том, чтобы повести беспощадную борьбу со шпионами, предателями, диверсантами, дезертирами и всякого рода паникерами и дезорганизаторами».
Однако на этом новая реорганизация органов военной контрразведки не закончилась. Ее продолжение следовало и оно было связано с самой системой центральных органов НКВД и НКГБ. 20 июля 1942 года Президиум Верховного Совета своим Указом признал целесообразным объединить НКВД и НКГБ в единый Народный Комиссариат внутренних дел СССР, т. е. фактически вернуться к той системе органов госбезопасности и внутренних дел, которая существовала до 3 февраля 1941 года. Вновь в руках Берии была сосредоточена всеобъемлющая власть над органами внутренних дел, государственной безопасности и военной контрразведки армии.
Опыт войны показал, что подобная система управления этими структурами не может обеспечить их высокую результативность в обеспечении безопасности фронта и тыла. 14 апреля 1943 гола Указом Президиума Верховного Совета СССР вновь был образован Народный комиссариат государственной безопасности СССР и его органы на местах[265].
Постановлением СНК СССР от 19 апреля 1943 года органы военной контрразведки, как и в феврале 1941 года, снова были переданы в наркоматы обороны и Военно-Морского Флота, где соответственно образовались Главное управление контрразведки «Смерш» НКО СССР и Управление контрразведки «Смерш» НК ВМФ. Постановлениями Государственного Комитета Обороны от 21 апреля и 31 мая 1943 года были утверждены положения об этих двух управлениях. На фронтах и в военных округах вместо особых отделов образовывались управления контрразведки «Смерш», а в армиях, корпусах и дивизиях — отделы[266].
В положениях определялась их система, структура центральных аппаратов ГУКР «Смерш» НКО и УКР «Смерш» НК ВМФ, их задачи и права, взаимоотношения с командованием и политорганами, территориальными органами госбезопасности и Разведывательным управлением Генерального штаба Красной Армии. Задачами органов военной контрразведки, как указывалось в положениях, являлись следующие: борьба со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью в частях, учреждениях и на кораблях Красной Армии и Военно-Морского Флота; принятие необходимых мер, исключающих возможность безнаказанного перехода агентов противника через линию фронта. ГКО обязал ГУКР «Смерш» НКО и его органы информировать командование и политорганы (военные советы фронтов, округов, армий) частей, соединений и учреждений Красной Армии и Военно-Морского Флота о результатах борьбы с агентурной деятельностью противника, дезертирством и изменой Родине, об антисоветских проявлениях в армии и на флоте, осуществлять взаимодействие с органами НКГБ СССР в центре и на местах, с военной разведкой, систематически обмениваться с ними информацией.