Военный совет фронта совместно со штабом истребительных батальонов УНКВД Ленинградской области планировали и организовывали деятельность истребительных частей и подразделений в интересах войскового тыла и города-фронта. Это была значительная, причем хорошо организованная военная сила, способная во взаимодействии с другими видами Вооруженных Сил обеспечивать безопасность фронта и тыла.
В ночь с 5 на 6 июля 1941 года бойцы 119-го истребительного батальона задержали двух вражеских парашютистов, 106-го батальона — двух немецких летчиков, рота 92-го истребительного батальона — двух немецких летчиков. В июне-июле 1941 года истребительными батальонами было захвачено 18 летчиков и 19 солдат противника, ликвидировано 15 парашютистов и 48 солдат врага[165].
26 июня 1941 года НКВД КФ ССР издал специальный приказ «Об организации истребительных батальонов». В начальный период формирования истребительных батальонов в Карелии общее руководство ими было возложено на секретаря ЦК партии А. С. Варламова, заместителя председателя Совнаркома В. В. Стефанихина и народного комиссара государственной безопасности М. И. Баскакова[166]. С июля 1941 года до лета 1944 года это руководство осуществлял штаб истребительных батальонов народного комиссариата внутренних дел республики. ЦК компартии республики постоянно уделял внимание истребительным батальонам, он принял ряд важных директив, которые совместно с актами НКВД составили их правовую основу и регламентировали порядок функционирования[167]. Оперативную группу НКВД КФ ССР с 24 июля 1941 года возглавил комбриг С. Я. Вершинин, за двое суток укомплектовавший штаб истребительных батальонов[168].
В августе 1941 года оперативный штаб истребительных батальонов НКВД СССР и оперативная группа НКВД — УНКВД были реорганизованы в четыре отдела НКВД — УНКВД республики — областей[169]. 28 августа 1941 года были объявлены штаты 4-го отдела УНКВД ЛО. Весь штат состоял из 48 человек и включал шесть отделений: руководство истребительными батальонами, руководство партизанскими формированиями, разведки, связи, боевой подготовки, материально-технического обеспечения[170]. Аналогично этому была и структура штата 4-го отдела НКВД КФ ССР. Общая численность его составляла 33 человека.
Как видно из структуры 4-го отдела в его функции входило и руководство партизанскими формированиями. И это не было случайным. Многие истребительные отряды выполняли боевые задачи в тылу вражеских войск. Такое руководство осуществлялось до создания штабов партизанского движения при Военных советах фронтов.
В начале июля 1941 года истребительные батальоны были созданы во всех городах, районных центрах КФ ССР. Всего было организовано 38 батальонов общей численностью 4315 бойцов[171]. В силу складывавшихся обстоятельств не все батальоны выдерживали строгую штатную организацию. Некоторые из них насчитывали всего по 50 бойцов, и их именовали отрядами.
Понимая, насколько оперативно и мобильно должны действовать истребительные батальоны по ликвидации авиадесантов и диверсионных групп противника, ГКО своими постановлениями № 260 и 261 от 24 июля 1941 года переводит их на казарменное положение. НКВД СССР своим приказом № 0356 от 27 июля 1941 года объявляет это решение и обязывает местные органы внутренних дел обеспечить постоянную готовность бойцов истребительных батальонов к боевым действиям[172].
27 июля 1941 года постановлением Совнаркома КФ ССР за № 69 весь личный состав истребительных батальонов был переведен на казарменное положение.
Аналогично создание истребительных батальонов проходило и в других городах северо-запада. Они также направлялись для усиления частей Красной Армии и обеспечения безопасности тыла. Для охраны войскового тыла, в частности 14-й армии Северного фронта, было задействовано 3 истребительных полка, 14 истребительных батальонов и 22 отдельные истребительные группы общей численностью 6659 человек. Эти полки, батальоны и группы формировались в городе Мурманске из актива населения и из сотрудников УНКВД[173].
Формирование истребительных батальонов шло по всей стране. За первые полтора месяца войны было сформировано 1755 батальонов общей численностью 328 тысяч человек[174]. Многие из истребительных отрядов впоследствии были переданы в действующую армию и приняли непосредственное участие в боях с врагом. Это были первые и самые экстренные меры, которые позволили противодействовать врагу с массовой выброской диверсантов в тыл страны, обеспечить охрану объектов и общественную безопасность.