Особенностью их деятельности являлось то, что многие пограничные полки, например, пятый, Рябольский пограничный отряд и другие перед общим наступлением Особого корпуса нейтрализовали финские кордоны, давая возможность стрелковым полкам Красной Армии с меньшими потерями вести наступательные действиями на начальном этапе. В ходе организации системы войсковой охраны тыла и ее функционирования выявились просчеты и ошибки: опоздание с введением института помощников командующих армиями по тылу и задержка с созданием соответствующей группировки войск для этого, недостаточная огневая мощь полков охраны тыла и др. В первые месяцы Великой Отечественной войны, когда под массированным натиском фашистских войск советским войскам приходилось нередко разрозненно и неорганизованно отступать, пограничные части (заставы и гарнизоны) и оперативные войска прикрывали их тыл, но уже со стороны наступающего противника, принимая всю тяжесть боев на себя, давая возможность перегруппироваться и занять оборонительный рубеж. И только после этого уцелевшие подразделения пограничных и внутренних полков выходили из окружения и переформировывались. Это был исключительно сложный период, и он потребовал переосмысления действующей структуры и задач войск НКВД.
Предложенная на начальном этапе структура охраны войскового тыла предлагала закрепление частей войск НКВД за каждой армией, как это было во время советско-финской кампании. Но число армий было значительным и постоянно находилось в динамике, их дислокация менялась. Такая структура требовала исключительно большого расхода личного состава войск НКВД, как рядового, так и офицерского. Поэтому, уже осенью 1941 года были оставлены только управления войск НКВД по охране тылов фронтов, а управления охраны тылов армий были расформированы. В справке заместителя наркома внутренних дел СССР Аполлонова А. Н. (сентябрь 1941 года) указывается: «В первый период войны существовали управления охраны тылов армий, которые себя не оправдывали и требовали большого расхода войск, в связи с большим количеством армий. На этом основании они были расформированы и оставлены только управления войск НКВД по охране тылов фронтов»[187].