Структура и задачи войск изменялись и уточнялись в связи с особенностями военно-политической обстановки. Так, до известного постановления СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 25 января 1941 г. «Об усилении противовоздушной обороны СССР» многие задачи противовоздушной обороны страны возлагались на НКВД. Это, прежде всего, касалось войск НКВД по охране железнодорожных сооружений и охране особо важных предприятий промышленности. Они имели специальные подразделения и огневые средства для борьбы с воздушным противником и обеспечения безопасности охраняемых объектов. Совместным приказом НКО и НКВД от 27 января 1941 г. вся войсковая противовоздушная оборона железнодорожных сооружений и особо важных предприятий промышленности передавалось из НКВД в ведение Народного Комиссариата обороны СССР. Весь личный состав, материальная часть, жилые и служебные помещения, инвентарь зенитно-артиллерийских и зенитно-пулеметных частей и подразделений, которые дислоцировались в пределах военного округа, переходили в подчинение военных советов округов (армий). Численность только войск по охране железнодорожных сооружений сокращалась на 8000 человек[71].
Учитывая, что крупнейшие промышленные предприятия, находившиеся под охраной войск, как правило, располагались вблизи железных дорог, 26 февраля 1941 г. приказом НКВД СССР Главное управление по охране железнодорожных сооружений и Главное управление по охране особо важных предприятий промышленности объединились в одно — Главное управление войск НКВД по охране железнодорожных сооружений и особо важных предприятий промышленности[72]. Остальные главные управления соответственно реорганизовывались в управления: политической пропаганды, конвойных войск, войск снабжения и военно-строительный отдел. Этим же приказом было сформировано Управление оперативных войск НКВД СССР. Из пограничных войск в них передавались кадры командного состава и личный состав со всей материальной базой. В состав оперативных войск входили 2, 3, 5, 10, 13, 18 и 23 мсп. 3 апреля 1941 г. было утверждено Положение об Управлении оперативных войск НКВД СССР. Начальником войск был назначен генерал-лейтенант П. А. Артемьев. Правовой основой деятельности всех видов войск НКВД являлось Положение. Им определялись структура, задачи и функции. Так, оперативные войска своими быстрыми и решительными действиями должны были ликвидировать диверсионные группы противника, обеспечивать безопасность в приграничной полосе. На Управление этих войск возлагались следующие задачи:
а) организация, руководство и контроль службы и боевой подготовки войск;
б) руководство боевыми операциями войск;
в) руководство и контроль за постановкой учебной и воспитательной работы в военно-учебных заведениях НКВД;
г) разработка организационно-штатных и мобилизационных вопросов по оперативным войскам и военно-учебным заведениям;
д) разработка программ учебных планов и организационно-методических указаний для военноучебных заведений и др.[73].
Следует особо подчеркнуть, что пограничные и оперативные части НКВД явились первыми полками по охране тыла Красной Армии в период советско-финляндской кампании. Специальной директивой НКО и НКВД Военным советам Ленинградского военного округа, а также 7, 8, 9 армиям от 26 декабря 1939 г. указывалось о создании полков НКВД для охраны тыла Красной Армии. В директиве подчеркивалось, что «…финские войска, отступая под натиском Красной Армии, оставляют на занимаемой нами территории диверсионные группы, которые нападают на штабы и тылы войсковых соединений Красной Армии, разрушают дороги и терроризируют местное население.
В целях обеспечения быстрейшего продвижения советских частей и нормальных условий работы войскового и армейского тыла Красной Армии должны быть сформированы полки войск НКВД. Они, действуя на важнейших направлениях, определяемых Генеральным штабом Красной Армии, организуют и осуществляют ликвидацию белофинских диверсионных бандитских групп»[74].
Руководство боевыми действиями полков НКВД осуществлял институт помощников командующих армиями по охране тыла. Эти полки приняли на себя всю тяжесть диверсионных действий врага не только в период войны с финнами, но и в последующем.