Новые границы, естественно, требовали изменения дислокации пограничных отрядов и создания ряда новых частей. По указанию Наркомата внутренних дел СССР, командование Ленинградского пограничного округа приняло с 5 апреля под охрану новые участки государственной границы. С этой целью в округе были сформированы пограничные отряды: 102-й, 103-й, 104-й, отдельный береговой отряд для охраны полуострова Ханко. В начале апреля 1940 года командование пограничных войск Ленинградского округа сообщало в Главное управление пограничных войск НКВД: «Погранотряды закончили выставление застав и комендатур, приняли от частей РККА государственную границу и приступили к несению службы по ее охране на всех участках»[67]. Также изменилось положение на советской границе и с соседними прибалтийскими государствами. С 26 июля 1940 года после образования новых союзных республик, государственная граница Эстонии, Латвии и Литвы по побережью Балтийского моря и Финского залива (включая острова Эзель и Даго) была принята под охрану пограничными войсками НКВД. С этой целью был сформирован самостоятельный Прибалтийский пограничный округ. Начальником пограничных войск был назначен генерал-майор К. И. Ракутин.
Германия осуществила стратегическое развертывание своих вооруженных сил на границе с СССР, и Советский Союз был вынужден демонстрировать Германии готовность к уступкам и предпринял запоздалые, половинчатые мероприятия по подготовке к отражению агрессии. Однако СССР все же сумел за счет территориальных приращений 1939–1940 гг. укрепить свое стратегическое положение, выиграть небольшой отрезок времени «отсрочки» от войны. Этот период был интенсивен в деятельности советского политического и военного руководства в подготовке страны к войне с Германией, но мало результативен.
Состоявшийся 26–28 марта 1940 г. Пленум ЦК ВКП(б) заслушал итоги войны с Финляндией. В апреле Наркомат обороны был подвергнут проверке партийно-государственной комиссией во главе с секретарем ЦК ВКП(б) А. А. Ждановым и заместителем председателя СНК Н. А. Вознесенским. Комиссия вскрыла серьезные недостатки в работе Наркомата и лично К. Е. Ворошилова. В мае 1940 г. Наркомом обороны был назначен маршал Советского Союза С. К. Тимошенко.
В 1940 г. началась реорганизация всех видов Вооруженных Сил и родов войск. Была подвергнута серьезной организационной перестройке система противовоздушной обороны страны. Решением СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 25 января 1941 года «Об усилении противовоздушной обороны СССР» территория страны подразделялась на зоны и районы противовоздушной обороны в границах военных округов и на пункты противовоздушной обороны внутри районов. К началу войны было создано 13 районных зон ПВО и УО бригадных. В зону противовоздушной обороны входили все средства военного округа — истребительная авиация, зенитные части и ВНОС, выделяемые для защиты пунктов, объектов, сооружений и мостов на территории округа[68].
1 сентября 1939 г. законом Верховного Совета СССР «О всеобщей воинской обязанности» был закреплен кадровый принцип строительства Вооруженных Сил СССР. 12 августа 1940 г. Указом Президиума Верховного Совета СССР «Об укреплении единоначалия в Красной Армии и Военно-Морском Флоте» упразднялся институт военных комиссаров и вводилось единоначалие.
Вместе с Вооруженными Силами шло развитие войск НКВД. В соответствии с постановлением СНК СССР от 2 февраля 1939 г. Главное управление пограничными и внутренними войсками было разделено на 6 управлений:
1. Главное управление пограничных войск;
2. Главное управление войск по охране железнодорожных сооружений;
3. Главное управление по охране особо важных предприятий промышленности;
4. Главное управление конвойных войск;
5. Главное управление военного снабжения;
6. Главное военно-строительное управление[69].
Начальниками Главных управлений и начальниками войск соответственно были назначены: Г. Г. Соколов, А. И. Гульев, Е. В. Козик, В. М. Шарапов, А. А. Вургафт и И. С. Любый.
Главным управлениям подчинялось определенное количество войск, например, по охране железнодорожных сооружений — 7 дивизий и 5 бригад, по охране особо важных предприятий промышленности — 5 бригад, 2 полка, 9 отдельных батальонов; конвойных войск — 10 бригад и 2 отдельных батальона[70].
Для общего руководства войсками НКВД вводилась должность заместителя наркома по войскам. Им был назначен И. И. Масленников. 7 мая 1940 г. были установлены генеральские звания. Они были присвоены и ряду руководящих работников пограничных и внутренних войск. Звание генерал-лейтенанта в войсках НКВД получили И. И. Масленников, П. А. Артемьев, И. А. Богданов, В. В. Осокин, Г. Г. Соколов, Г. А. Степанов. Генерал-майорами стали А. И. Гульев, Е. В. Козик, Д. В. Крамарчук, И. С. Любый, М. П. Марченко, А. С. Сироткин, И. К. Ухов, В. М. Шарапов.