«Невидимки» привлекались для ночных ударов по объектам югославской ПВО, а также по другим особо важным, хорошо прикрытым средствами ПВО стационарным целям. Основным оружием «невидимок» являлись КАБ типа «Пейвуэй» II и «Пейвуэй» III с лазерным наведением.
Первой в ходе операции «Союзническая сила» крупной неудачей стала потеря над Югославией в ночь с 27 на 28 марта ударного самолета-«невидимки» F-117A. Фотоснимки и видеозапись остатков сбитого в окрестностях Белграда «Стелса» обошли весь мир, но до сих пор не существует однозначной версии, каким образом был сбит этот самолет. «Авторство» победы приписывают то пилоту истребителя МиГ-29, то расчету ЗРКС-125, однако никто не сомневается, что F-117 был именно сбит, а не упал в силу ошибки пилота или технической неисправности. Командование НАТО немедленно организовало операцию по спасению пилота «Стелса» капитана Кена Двили. Летчика «вытаскивали» восемь вертолетов, которые лидировали два «Пэйв Лоу» 21-й эскадрильи 352-й авиагруппы специального назначения, приданных 86-го сводному крылу. Вертолеты действовали с боснийской авиабазы Тузла. Американские вертолеты подстраховывали французы на двух «Супер Фреланах», прикрывали спасателей четыре F-16, пара F-15 и два штурмовика А-10А. В составе 86-го сводного авиакрыла находилось десять вертолетов MH-53J и три их «меньших брата» MH-60G. Дозаправку летательных аппаратов поисково-спасательной группы проводили самолеты KC-135R и МС-130. Полеты выполнялись с аэродромов Италии, Боснии, Венгрии. Сербы сообщали о пяти сбитых вертолетах, командование НАТО потерю вертолетов не подтвердили.
1 апреля на аэродроме Плесо (г.Загреб около 3.00 совершил вынужденную посадку еще один F-117A, получивший боевые повреждения. Другой самолет этого типа, по неофициальным сообщениям, был потерян 5 апреля во время атаки телебашни «Црвени Кот» (летчик катапультировался и приземлился в районе деревни Ремете). 20 мая прошло сообщение, что над Косово МиГ-29 сбил еще один (вероятно, последний в ходе кампании) самолет противника, который классифицировали как F-117А. Всего, по данным МО Югославии, США потеряли три самолета F-117А. Еще одна машина этого типа получила боевые повреждения. В то же время американцы признают боевую потерю всего одного «стелса».