Этот стержень придает "Долине Иссы" новые уровни сложности. Метафизика романа двоится: под христианским слоем просвечивает более древний и примитивный, изображенный не без юмора или иронии, но все же значительный. И поляки, и литовцы — католики. Но в среде, говорящей по-литовски (в меньшей степени в польскоязычной), очень долго сохранялись — пожалуй, и сейчас сохраняются — остатки язычества. Литва крестилась последней в Европе: та ее часть, что на восток от Иссы-Нявежиса, приняла новую веру в 1387 году, та, что на запад — только в 1413-м. Реликты язычества — в легендах, гаданиях, обычаях, песнях — Милош подчеркивает на каждом шагу. Часть из них, несомненно, восходит к реальным воспоминаниям его детства и юности, часть заимствована из книг польских и литовских романтиков — они также были ему знакомы с ранних лет. Такова, например, история Сауле-солнца, Месяца и громовержца Перкунаса, известная по первому сборнику литовских народных песен который и 1825 году издал профессор Кенигсбергского университета Людвиг (Людвикас) Реза. Рассказы о разнообразной нечисти напоминают о прославленном сборнике с занятным названием "Из жизни привидений и чертей" (1903) литовского фольклориста, национального деятеля Ионаса Басанавичюса. Когда деревенские девушки поют песню о женихе-мертвеце, в ней легко увидеть древний сюжет Леноры — русскому читателю знакомый по балладам Жуковского. Другие мифические мотивы можно найти в сочинениях историка Теодора Нарбута, жившего в середине XIX века: Нарбут не чуждался стилизации и прямого вымысла, но именно поэтому был — и по сей день остается — очень популярным. Из Нарбута взят, например, идол Рагутис, литовский Вакх или Приап, статуя которого смущает ксендза Монкевича:
"Настоятель гневно хмыкал, ерзая на стуле, когда читал о неслыханном изобилии богов и богинь, почитавшихся некогда в стране, и узнавал знакомые, на удивление стойкие суеверия, над искоренением которых трудился. Неизвестно, душеполезно ли такое чтение. К примеру, закрываешь ты книгу, снимаешь очки и приступаешь к другим делам, как вдруг совершенно неожиданно встает перед тобой образ Рагутиса — такого, каким его откопали где-то в лесных песках. Толстый божок пьянства и разврата, вырезанный из дубовой колоды, лукаво усмехается: его ступни в деревянных башмаках огромны — он стоит на них, не нуждаясь в опоре, во всей своей старательно изображенной непристойности, in naturalibus. И не думать о нем решительно невозможно.
Костел в Гинье построен на месте древнего языческого капища. Тетка Томаша отправляется к колдуну за лекарством