Метафизика по-своему явлена уже в судьбе Ромуальда Буковского и его Барбарки, которые существуют скорее в мире рода, чем в мире духа ("На границе животного и человеческого суждено нам жить, и это хорошо", — говорит о них автор). По-другому она просвечивает в примитивном богоборчестве Домчи Малиновского, который садистически убивает собаку, кощунственно издевается над облаткой (частый сюжет литовского фольклора) и вообще верит не столько в Бога, сколько в ужей и водяных. В этом крестьянском парне можно угадать будущего коммуниста или — скорее — террориста-эсера: кстати, последних в межвоенной Литве было много, и некоторых из них Милош знал. Более глубоки истории самоубийцы Магдалены и убийцы Бальтазара. Магдалена — современная Ева, согрешившая с ксендзом Пейксвой и от этого погибшая, открывает для Томаша вечный вопрос, "почему я — это я? Как это возможно, что, обладая телом, теплом, ладонью, пальцами, я должен умереть и перестать быть собой?" Ее богооставленность — следствие чрезмерной сосредоточенности на себе: "Чтобы отравиться крысиным ядом, надо потерять всякую надежду, да к тому же так поддаться своим мыслям, что они заслонят собой весь мир, пока человек не перестанет видеть ничего, кроме собственной судьбы". Будет ли она прощена — или она настолько отвернулась от Иного, что это стало невозможным? И будет ли прощен загубивший ее ксендз Пейксва? В судьбе лесника Бальтазара очевидны отзвуки Достоевского (возможно, лесник — побочный сын деда Сурконта, как Смердяков — побочный сын Федора Карамазова). Это история душевной болезни, но также почти средневековая история одержимости дьяволом — духом лжи и отчаяния. Не в силах справиться со своей совестью, Бальтазар бунтует против того, что земля — это земля, а небо — небо, и ничего больше: пораженный "распадом вещей", он умирает в уверенности, что предопределен к гибели — словно потерявший всякую надежду кальвинист. А может быть, надежда появляется в последнее мгновение? Не нам знать.
Природа вызывает в созревающем уме Томаша все те же вопросы: что есть предопределение и что есть свобода воли. "Но там, на другом берегу, осталась его утка. Что она делает теперь? Чистит клювом перья, с кряканьем хлопает крыльями и благодарит за радость после миновавшей опасности. Кого благодарит? Постановил ли Бог оставить ее в живых? Если да, значит, это Он подсказал Томашу не стрелять. Но почему в таком случае ему казалось, что все зависит только от его воли?" Убийство и агония белки открывает ему глаза на то, что мир сей построен на страдании: природа есть бесконечная цепь смертей. Это было постоянным предметом манихейских размышлений Милоша, а впрочем, не его одного: подобным мыслям предавались, например, русские обериуты, особенно Заболоцкий. Мир лежит во зле. Однако это не есть конечный вывод "Долины Иссы".
Мир есть также дар человеку, дворец, данный ему для радости и благодарения. Милош часто говорил о метафизической основе "Пана Тадеуша" — лес и травы, домашний быт и утварь, земледелие, ремесла приобретают у Мицкевича измерения первозданного рая. "Долина Иссы" во многом следует знаменитой польской поэме (кстати, тоже написанной в эмиграции, в Париже). К Мицкевичу непосредственно отсылают сцены охоты, играющие в романе существенную роль, даже рассказы Ромуальда о таинственных, недоступных для человека областях леса, где водятся опасные, а все же любопытные существа. Сходны пейзажи, описания деревенской жизни, язык, полный специфических терминов и этим приводивший в отчаяние первую переводчицу романа на французский язык Жанну Херш. Стоит заметать еще одну параллель: и в "Пане Тадеуше", и в "Долине Иссы" мать поручает ребенка, попавшего в опасность, опеке Остробрамской Мадонны (хотя мать Томаша — как это было в реальной жизни с матерью Милоша — не исполнила свой обет).