Братья Романовы решили, что настал их час, и начали подготовку к перевороту. Из многочисленных романовских вотчин в Москву стали прибывать дворяне и боевые холопы. Несколько сот вооруженных людей сосредоточилось на Варварке в усадьбе Федора Никитича. Среди них был и молодой дворянин Юрий Богданович Отрепьев.
Однако шпионы Бориса не дремали. По приказу царя в ночь на 26 октября 1600 г. несколько сот стрельцов начали штурм усадьбы на Варварке. Несколько десятков сторонников Романовых было убито при штурме, а многие казнены без суда и следствия.
Обвинение Романовых в организации государственного переворота Годунову было нецелесообразно, поскольку это произвело бы невыгодное для новой династии впечатление как внутри страны, так и за границей. Поэтому Романовым было поставлено в вину колдовство. Братья Никитичи были отданы на суд Боярской думы. Титулованная знать — Рюриковичи и Гедиминовичи — ненавидели безродных выскочек, как Годуновых, так и Романовых. Надо ли говорить, что сочувствия в думе Романовы не нашли.
Колдовские процессы над знатью в Западной Европе обычно кончались кострами и лишь в единичных случаях — плахами и виселицами. Однако Годунов поступил с Романовыми относительно мягко. Федора Никитича Романова постригли в монахи под именем Филарета и послали в Антониево-Сийский монастырь в сопровождении пристава — стрелецкого головы Ратмана Дурова. Его жену Ксению Ивановну также постригли под именем Марфы и сослали в Заонежье (в Толвуйскую волость, в Егорьевский погост). Ее мать сослали в монастырь в Чебоксары. Александра Никитича Романова сослали к Белому морю в Усолье-Луду, Михаила Никитича — в Пермь, Ивана Никитича — в Пелым, Василия Никитича — в Яренск, сестру их с мужем Борисом Черкасским и детьми Федора Никитича, пятилетним Михаилом и его сестрой Татьяной, с их теткой Настасьей Никитичной и с женой Александра Никитича сослали на Белоозеро. Князя Ивана Борисовича Черкасского — на Вятку в Малмыж, князя Ивана Сицкого — в Кожеозерский монастырь, других Сицких, Шастуновых, Репниных и Карповых разослали по разным дальним городам.
В царствование Михаила пребывание Романовых в ссылке стало обрастать сказочными подробностями. На Руси всегда любили дураков и мучеников. Поэтому официальная пропаганда тиражировала душераздирающие подробности мучений опальных Романовых.
Так, например, Михаил Никитич Романов был сослан в село Ныроба Пермской волости. В селе имелось всего лишь шесть дворов. Михаила якобы посадили в яму («земляную темницу»). Сверху яма была закрыта настилом из брусьев, засыпанных землей. В яме была сложена небольшая печь. На Михаила надели тяжелые кандалы — цепь на шее весила 1 пуд 39 фунтов (32,4 кг), 19 фунтов (7,8 кг) весили ножные кандалы и 10 фунтов (4,1 кг) — замок к ним. Пристав держал узника на хлебе и воде, а местные крестьяне тайно приносили ему вкусную еду. Через несколько месяцев Михаил умер. По приказу Лжедмитрия I тело Михаила было перевезено в Москву и погребено 18 марта 1606 г. в Новоспасском монастыре. Тело его оказалось «нетленным». В селе Ныроба был устроен «мемориальный музей» Михаила. Путешественники в XIX веке видели его знаменитые цепи.
Увы, многие историки с иронией относятся к преданию о мучениях Михаила. А С.М. Соловьев, подробно описавший ссылку остальных Романовых, принципиально не упоминает о Михаиле. Историки задают один и тот же вопрос: если Годунов решил погубить братьев Романовых, то почему он сурово расправился с младшими братьями и создал сравнительно комфортные условия старшему брату Федору Никитичу? Добавим: главному заводчику смуты и основному кандидату на престол.
Борису Годунову, пожалев Федора, было не резон убивать его младших братьев и родственников. Просто враги Годунова приписали ему еще несколько смертей. Ну, убил злодей двух царей, царевну, свою сестру царицу и датского принца — жениха своей дочери, с помощью колдовства лишил зрения царя Симеона, так почему бы ему не уничтожить еще полдюжины ссыльных?
На самом же деле бытовые условия ссыльных были весьма приличными. По этому поводу Р.Г. Скрынников писал: «Подлинные документы по поводу ссылки, сохранившиеся в отрывках, позволяют установить, какими были условия содержания опальных в местах заточения. Даже те ссыльные, которые не имели думного чина, получили разрешение взять с собой по «детинке» из числа своих дворовых холопов. Холоп прислуживал господину в пути, а затем в тюрьме. Тюрьмой для опального служил двор с рядом хозяйственных построек, предназначенных для обслуживания тюремного сидельца. Пристав, сопровождавший в ссылку младшего из братьев Романовых, получил приказ выстроить для него двор вдали от посада и проезжей дороги. Инструкция предписывала приставу провести все необходимые работы: «двор поставить... а на дворе велеть поставить хором две избы, да сени, да клеть, да погреб и около двора была (чтобы) городба».