В 1602 г. Мария Федоровна Пожарская по приказу царя Бориса была взята в царские палаты верховной боярыней при его дочери Ксении Борисовне. Боярыней же при царице Марии Григорьевне была назначена мать князя Бориса Михайловича Лыкова. Вскоре между Марией Пожарской и Евфимией Лыковой возник конфликт. Судя по всему, все началось с глупой бабьей ссоры. Обе дамы были вдовами — муж Евфимии Михаил Юрьевич Лыков был убит в Ливонии еще в 1579 г., поэтому в защиту матерей вступились их старшие сыновья Дмитрий Пожарский и Борис Лыков. Лыковы были Рюриковичи и вели свой род от князя Михаила Черниговского. Родоначальник рода Пожарских Всеволод Большое Гнездо, сын Юрия Долгорукого, несомненно, был выше Михаила Черниговского, но в местнических тяжбах XVI—XVII веков учитывали и чины, полученные от московских князей членами данного рода. Между прочим, Борис Лыков был женат на родной сестре Федора Никитича Романова — Настасье Никитичне, а Романовы к этому времени уже были в опале.
Тем не менее, Дмитрий Пожарский решил поместничать с Борисом Лыковым и бил челом Годунову, чтобы царь «его, князя Дмитрия, пожаловал, велел ему с княж Борисовым отцом Лыкова, со князем Михайлом Лыковым, в отечестве дати и суд и счет».
Царь велел разобраться в споре Боярской думе, но обе стороны представили столько аргументов, причем подтвержденных документально, что решить тяжбу стало практически невозможно. И тут Пожарский пишет политический донос на Лыкова. Донос, да и родство Бориса с Романовыми сделали свое дело — Пожарский выиграл местнический спор. Борис Лыков был послан на воеводство в пограничную крепость Белгород. Мать Бориса Евфимию заставили покинуть царский двор и постричься в монастырь под именем Ефросиньи, где она и скончалась 9 июня 1604 г.
Через шесть лет Борис Лыков напишет донос царю Василию Шуйскому на Дмитрия Пожарского, где утверждает, что: «...прежде, при царе Борисе, он, князь Дмитрий Пожарский, доводил на меня ему, царю Борису, многие затейные доводы, будто бы я, сходясь с Голицыными да с князем Татевым, про него, царя Бориса, рассуждаю и умышляю всякое зло; а мать князя Дмитрия, княгиня Марья, в то же время доводила царице Марье на мою мать, будто моя мать, съезжаясь с женою князя Василия Федоровича Скопина-Шуйского, рассуждает про нее, царицу Марью, и про царевну Аксинью злыми словами. И за эти затейные доводы царь Борис и царица Марья на мою мать и на меня положили опалу и стали гнев держать без сыску».
Подлинник доноса Пожарского на Лыкова до нас не дошел, но и без него ясно, что Лыков врет. С какой стати Дмитрию Михайловичу порочить сразу нескольких именитых людей — князей Василия Васильевича Голицына и Василия Федоровича Скопина-Шуйского, которые были в чести у царя Бориса как до доноса на Лыкова, так и после? Для царя такая информация была очень важна, и тут не обошлось бы без крутых мер. Если бы обвинения подтвердились, то большая опала ждала бы Голицына и Скопина-Шуйского, по сравнению с которыми Лыков был просто мелкой сошкой. А если бы донос не подтвердился, то сам Пожарский отправился бы в оковах в места не столь отдаленные.
Так что если Пожарский и писал донос на Лыкова, то там явно не фигурировали Голицын и Скопин-Шуйский. Гораздо проще было притянуть Лыкова к его родственникам Романовым. Лыков же свой донос Василию Шуйскому писал наобум — вдруг не будут искать грамоту Пожарского шестилетней давности, и солгал о клевете Пожарского на самых влиятельных лиц царствования Василия Шуйского.
А вообще, куда делась грамота Пожарского? Ведь подавляющее большинство документов царствования Бориса Годунова дошло до нас в целости и сохранности. Наиболее вероятна версия, что грамота была уничтожена при царе Михаиле Романове. Донос «спасителя отечества» на родственников царя Михаила был совсем некстати, и с ним поступили, как обычно поступали наши цари и вожди с особо скандальными документами.
Об участии Пожарского в войне с Лжедмитрием I документальных данных нет. Скорей всего он оставался в Москве при особе государя. Вместе со всеми москвичами Дмитрий Михайлович целовал крест царю Димитрию и остался стольником при его дворе.
Любопытно, что Борис Лыков сделал головокружительную карьеру при дворе Гришки Отрепьева. Самозванец произвел его в кравчие, а через несколько недель — в бояре.
В ночь на 17 мая 1606 г. Пожарский оказался в отъезде. Он был в родовом имении Мугреево и, соответственно, не участвовал в перевороте Василия Шуйского. Дмитрию Михайловичу как-то фантастически везло, а может, наоборот, не везло, и он всегда оставался в стороне от всех переворотов. И новый царь его не наградил и не наказал. Василий Шуйский произвел «перебор» стольников, в ходе которого свыше ста человек были лишены этого звания. Пожарский же по-прежнему остался «вечным» стольником.
В конце 1607 г. под Москвой Пожарский многократно участвовал в боях с войском Ивана Болотникова. В июне 1608 г. Пожарский отличился при защите Москвы от войск Тушинского вора. Именно его конный отряд в ночь на 4 июня остановил поляков Рожинского на Ваганьковском поле.