В итоге Ли намеревался удержать внимание Хукера на Фредериксбурге, а собственную армию быстро перебросить в долину Шенандоа, где заставы союзников были немногочисленны, слабы и разрозненны, и оттуда двинуться прямо на север в направлении Гаррисбурга, штат Пенсильвания. Помощник Ли полковник Уолтер Тейлор, выполнявший роль фактического начальника штаба, отмечает, что "замысел Ли состоял в том, чтобы освободить штат Виргиния, по крайней мере на время, от присутствия врага, перенести театр военных действий на северные земли" и выбрать "благоприятное время и место" для сражения. Как и Лонгстрит, Тейлор предполагал, что "магнат", * как иногда называли Ли его подчиненные, расположится так, что противнику придется атаковать его на выбранной самим Ли местности, как при Фредериксбурге; но Ли не давал никаких гарантий, что он сделает что-либо подобное, что бы ни предполагал Лонгстрит. Его военный секретарь, подполковник Чарльз Маршалл, который составлял большинство приказов, корреспонденции и отчетов Ли, подчеркивает, что Ли придавал большое значение обороне Ричмонда и "сохранению той части Виргинии, которая находится к северу от Джеймса, и избавлению ее от присутствия врага". В своем отчете о Геттисбергском сражении Ли ставит во главу угла надежду на то, что перемещение его армии с оборонительной позиции к югу от Раппаханнока у Фредериксбурга к наступлению в Пенсильванию "предоставит хорошую возможность нанести удар по армии, которой тогда командовал генерал Хукер, и что в любом случае эта армия будет вынуждена покинуть Виргинию". Справедливо заключить, что взгляд Ли на войну оставался, как и всегда, взглядом виргинца, и в его списке приоритетов удаление врага из Виргинии занимало одно из первых мест, если не самое высокое. Нигде в описании целей своей кампании он не упоминает о договоренности между ним и президентом Дэвисом о том, что он так расположится, что Хукер будет вынужден атаковать его на местности, выбранной самим Ли, как бы это ни было желательно. Лишь позже в отчете Ли мимоходом упоминает: "Не предполагалось вести генеральное сражение на таком расстоянии от нашей базы, если только на нее не нападет противник"; затем он перечисляет причины, в основном связанные с трудностями транспортировки и снабжения, по которым сражение стало "неизбежным". До сих пор горячо обсуждаемый вопрос о том, должен или не должен был Ли сражаться при Геттисберге, похоже, не очень его волновал - "неизбежно" - это сильно сказано, и тем более он не считал, что поставить свою армию в выгодное положение, когда врагу придется атаковать его, было в каком-то смысле обязанностью.
3 июня 1863 года Ли начал по частям отводить свою армию из Фредериксбурга. Это произошло ровно через месяц после победы при Чанселлорсвилле, и остается удивительным, что так скоро после великой и дорогостоящей битвы армия смогла предпринять столь амбициозный фланговый марш на запад и север вокруг правой части Потомакской армии - или, что, возможно, более важно, что возглавил его человек пятидесяти шести лет и, возможно, не в лучшем состоянии здоровья.
Мы знаем, что к концу зимы Ли сильно болел, и по его симптомам можно предположить, что он страдал от артериосклероза и того, что сейчас называется стенокардией. Ни Тейлор, ни Маршалл, каждый из которых находился рядом с Ли днем и ночью, не упоминают о его здоровье, но, опять же, из всех мужчин Ли меньше всего был склонен жаловаться на него или позволять даже самым близким людям видеть что-то за его безупречной маской достоинства, самообладания и самоконтроля. Тем не менее в течение следующего месяца ему предстояло подвергнуться огромному и неустанному стрессу и в одиночку нести всю ответственность за самую большую армию Конфедерации и ее самое смелое стратегическое решение: вторжение на Север, призванное спровоцировать решающую битву, которая, наконец, принесет Югу независимость. Позже Лонгстрит напишет, что Ли был нетерпелив и возбудим, и если так, то это вполне объяснимо, но тогда Лонгстриту было что доказывать, и он писал уже после смерти Ли. Никто другой в то время, похоже, не обратил внимания на поведение и манеру поведения Ли: "мраморное лицо" и достойное самообладание оставались такими же, какими они были всегда, в победах и поражениях, чего бы они ему ни стоили.
Тот факт, что Ли "прореживает" свои силы, не остался незамеченным генералом Хукером, который 6 июня навел понтонный мост через Раппаханнок у Дип-Ран, чуть более чем в миле ниже Фредериксбурга, и перевел "большие силы" на правый берег реки, чтобы наблюдать за происходящим. Ли приказал А. П. Хиллу провести "аналогичную демонстрацию против Хукера", что убедило Хукера отвести свои силы, но он все еще был обеспокоен тем, что Ли может быть там, и отправил свою кавалерию под командованием генерал-майора Альфреда Плезантона через реку, чтобы найти его.